[发明专利]用于对经修饰的核酸测序的方法和组合物

权利要求书

1.一种对同源染色体测序的方法，所述方法包括：

a)提供一对具有目标基因座的同源染色体，所述对包含第一同系物和第二同系物，其中所述第一同系物包含在所述目标基因座处的经修饰的碱基，且所述第二同系物缺少在所述目标基因座处的经修饰的碱基；

b)对所述第一同系物和所述第二同系物测序，其中对每个测序的核苷酸进行询问，所述询问提供碱基组成数据和动力学数据二者，由此产生来自所述第一同系物和所述第二同系物二者的目标基因座的序列读出，所述序列读出包含所述碱基组成数据和所述动力学数据二者；

c)分析所述目标基因座的碱基组成数据和动力学数据以鉴别包含所述修饰的所述序列读出的第一子集，和将所述第一子集分配给所述第一同系物；和

d)分析所述目标基因座的碱基组成数据和修饰数据以鉴别缺少所述修饰的所述序列读出的第二子集，和将所述第二子集分配给所述第二同系物。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述经修饰的碱基是甲基化碱基。

3.根据权利要求1所述的方法，其中来自所述第一同系物的目标基因座和来自所述第二同系物的目标基因座都未被亚硫酸氢盐转化。

4.根据权利要求1所述的方法，其中来自所述第一同系物的目标基因座和来自所述第二同系物的目标基因座都未被扩增或克隆。

5.根据权利要求1所述的方法，其中所述测序使用单分子测序方法进行。

6.根据权利要求5所述的方法，其中所述单分子测序方法选自通过掺入进行测序、tSMS测序和纳米孔测序。

7.根据权利要求5所述的方法，其中在单个测序反应混合物中对所述第一同系物和所述第二同系物二者测序。

8.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一同系物是第一种X染色体，且所述第二同系物是第二种X染色体。

9.根据权利要求1所述的方法，其中所述目标基因座存在于高度重复区域内。

10.根据权利要求1所述的方法，其中所述目标基因座存在于印迹区域内。

11.根据权利要求1所述的方法，其中所述目标基因座是药物靶标、与遗传性障碍有关的基因座或法医标志物中的至少一种。

12.一种用于鉴别2种来自不同来源的核酸之间的序列差异的方法，所述方法包括：

a)提供来自第一样品的第一核酸；

b)提供来自第二样品的第二核酸；

c)处理所述第一核酸以产生经修饰的核酸；

d)使所述经修饰的核酸和所述第二核酸变性；

e)使所述经修饰的核酸与所述第二核酸退火，由此产生杂合核酸，所述杂合核酸包含来自所述第一样品的第一修饰链和来自所述第二样品的第二未修饰链，且进一步其中所述杂合核酸的一部分包含一个或多个碱基对的非互补区域，其中所述第一修饰链和所述第二未修饰链是非互补的；

f)使非互补区域特异性的结合剂与所述杂合核酸的部分结合，其中所述非互补区域特异性的结合剂包含选择性标签；

g)使用所述选择性标签捕获与所述非互补区域特异性的结合剂结合的所述杂合核酸的部分；

h)除去未与所述非互补区域特异性的结合剂结合的核酸；

i)对所述杂合核酸的部分进行单一类型的测序反应，其中对所述杂合核酸的第一链和第二链二者测序，并且在单独序列读出中提供序列数据和修饰数据二者；

j)对于每个序列读出，分析测序数据以鉴别所述单链区域，其中所述第一修饰链和第二未修饰链是非互补的；和

k)对于每个序列读出，分析所述修饰数据以确定所述序列读出的哪个部分对应于所述第一修饰链和哪个部分对应于所述第二未修饰链，由此鉴别来自所述第一样品的第一核酸和来自所述第二样品的第二核酸之间的序列差异。

13.根据权利要求12所述的方法，其中所述处理会将一个或多个修饰引入所述第一核酸，使得所述第一核酸可与所述第二核酸区分开。

14.根据权利要求13所述的方法，其中所述修饰包含甲基化、脱甲基化、羟基甲基化或葡萄糖基化中的一种或多种。

15.根据权利要求12所述的方法，其中所述第一样品是肿瘤样品，且所述第二样品是非肿瘤样品，且进一步其中鉴别的序列差异对应于在肿瘤发展过程中产生的突变。