[发明专利]检测HLA-A*24:02的方法及检测试剂盒

说明书

技术领域

本发明涉及检测HLA-A*24:02的方法及检测试剂盒。

背景技术

近年来，新的肿瘤特异性抗原相继被鉴定出来，与之相伴，正逐渐进行对新的免疫疗法的开发。其中，癌免疫疗法中，在生物体内诱导出肿瘤抗原特异性的CD8阳性T细胞的疫苗疗法是主流。与利用疫苗疗法的癌免疫疗法相关的多种临床应用已在进行。通过对作为肿瘤特异性抗原的一部分的10个左右的氨基酸残基结合至HLA分子而形成的肽·HLA复合体的识别，诱导出肿瘤特异性的CD8阳性T细胞。利用其开发了将结合至HLA的肽作为抗原的肽疫苗疗法。

现在，日本国内正在进行利用结合至(日本人多数具有的)HLA-A*24:02的肽的肽疫苗疗法的开发。通过施用这种肽预期能获得效果的仅限于保持有HLA-A*24:02等位基因(allele)的患者。因此，需要在施用前预先确认对象患者保持有HLA-A*24:02。

对HLA检验而言，DNA分型(DNA typing)是现在最通常的检验方法，作为代表性技术，已知PCR-SBT(基于测序的分型)、PCR-SSO(序列特异性寡核苷酸)及PCR-SSP(序列特异性引物)等。

作为肽疫苗施用前检测HLA-A*24的方法，报道了基于PCR-SSR的方法(非专利文献1)。

现有技术文献

非专利文献

非专利文献1：Nakatsugawa M等人，Comparison of speedy PCR-ssp method and serological typing of HLA-A24 for Japanese cancer patients.,Journal of Immunoassay and Immunochemistry，2011年4月，32(2)，pp.93-102

发明内容

以往的方法中，PCR-SBT存在下述问题：必须要用测序仪来解读HLA基因的DNA序列，操作繁杂，并且为了分析需要专门的软件。另外，以往的PCR-SSP中，存在为了提高正确性必须增加引物组数量的问题。此外，以往的PCR-SSP中，必须通过电泳来确认PCR产物，因此有污染风险。污染风险(尤其在基因检验的领域中)将大大损害可靠性。

利用PCR-SBT时，因为存在上述问题，所以并不简便，虽然其可特异性地仅检测HLA-A*24:02等位基因。然而以往的PCR-SSO和PCR-SSP不能特异性地仅检测HLA-A*24:02等位基因。

因此，本发明的课题为提供较之以往的方法而言更简便、并且能在减轻污染风险的同时、特异性地检测HLA-A*24:02等位基因的方法。

本申请的发明人着眼于A*24:02:01:01和A*24:20各自的碱基序列中仅在以下位置有所不同：HLA第211位的碱基在A*24:02:01:01中为C，而在A*24:20中则为A。本申请的发明人发现，通过以该第211位的碱基作为靶标碱基，将在该靶标碱基处形成错配的正向PCR引物、与规定的反向PCR引物和序列特异性结合探针组合并进行实时PCR，能够特异性地检测HLA-A*24:02等位基因。

本发明是基于上述新发现、通过进一步努力研究而完成的。本发明包括下述实施方式。

项1：

引物组，其含有：

(A1)正向PCR引物，所述正向PCR引物包含序列号1表示的DNA序列中从3’末端到至少第16位的DNA序列。

项2：

引物组，其含有：

项1中记载的引物(A1)，及

(A2)反向PCR引物，所述反向PCR引物包含序列号2表示的DNA序列中从3’末端到至少第20位的DNA序列。

项3：

实时PCR用试剂盒，其含有：

根据项1或2所述的引物组，及

(B)下述寡核苷酸经标记而形成的序列特异性结合探针，所述寡核苷酸包含序列号3表示的DNA序列的部分序列或其互补序列，所述部分序列是包含第429、437、440、442、443、447和449位的碱基中的任一碱基的15～25个碱基的连续的DNA序列。

项4：

一种方法，用于判定人DNA检测样品是否来源于具有HLA-A:24:02的人，所述方法包括下述工序：

工序(1)，以人DNA检测样品为模板，使用根据项3所述的试剂盒进行实时PCR；及

工序(2)，将在工序(1)中检测到信号的人DNA检测样品确定为来源于具有HLA-A:24:02的人的检测样品。