[发明专利]用于诊断和治疗癌症的涉及ROS1融合的方法和组合物

说明书

本申请要求2012年2月8日提交的美国临时申请号61/596,720的权益，所述临时申请以引用的方式整体并入本文。

技术背景

最近已经报道了ROS1酪氨酸激酶的致癌融合发生在几种人癌症的亚群中，包括非小细胞肺癌(NSCLC)、多形性成胶质细胞瘤(GBM)脑肿瘤以及胆管癌(胆道肿瘤)。表达ROS1融合的癌细胞对与用于其增殖和存活的激酶的组成型活性嵌合形式相关的异常信号传导“成瘾”。与这种对异常ROS1信号传导的依赖性一致，临床前研究已经证实ROS1驱动的癌症与突变体激酶的药理学抑制剂非常敏感。小分子抑制剂目前正处于用于治疗患有ROS1驱动的癌症的患者的研制阶段，但没有商业诊断测试可供用于可靠地且有效地诊断ROS1融合阳性癌症。因此，需要的是满足这种需求的ROS1融合诊断测试。

简述

本文所公开的方法和组合物涉及以下的领域：检测或诊断疾病或病状如癌症；评估与核酸变异、截短或基因融合相关的疾病或病状的易感性或风险；监测疾病进展；以及确定对治疗性治疗的易感性或抗性。一方面，本文所公开的检测和诊断方法涉及检测和/或诊断ROS1融合相关的癌症。

根据本发明的一个或多个目的(如本文所体现和概括描述的)，一方面，本发明涉及通过检测目标核酸内的核苷酸变异(如融合)来检测ROS1相关癌症的存在的方法，所述方法包括对从来自患有癌症的受试者的组织样品提取的mRNA进行实时聚合酶链式反应、反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和或实时RT-PCR，或对从自患有癌症的受试者提取的RNA合成的cDNA进行PCR；其中扩增产物的存在或扩增产物相对于对照物的增加指示核苷酸变异、截短或过度表达的存在，从而检测癌症的存在。

另一方面，本文公开将患有癌症的受试者诊断为患有ROS1相关癌症的方法，所述方法进一步包括确定野生型ROS1和野生型ROS1激酶的循环阈值(Ct)值；其中野生型ROS1相对于ROS1激酶的高(Ct)值指示融合的存在。

另一方面，本文公开将患有癌症的受试者诊断为患有ROS1相关癌症的方法，所述方法包括与融合断裂点的ROS1融合配偶体(partner)5’结合的正向引物和与融合断裂点的ROS1 3’结合的反向引物，其中所述引物延伸穿过融合，其中检测到具有ROS1核酸和融合配偶体核酸两者的扩增子的存在指示融合的存在。

另一方面，本文公开将患有癌症的受试者诊断为患有ROS1相关癌症的方法，所述方法包括a)使用与ROS1融合配偶体结合的正向引物的第一扩增反应；其中来自所述第一反应的扩增子用作第二扩增反应的模板；b)在所述第一反应之后的第二扩增反应，其中对于融合断裂点的ROS1序列3’具有特异性的引物用于第二扩增反应中；以及c)检测来自所述第二反应的扩增子中ROS1的存在；其中在来自所述第二反应的扩增子中检测到ROS1指示ROS1融合的存在。

另一方面，本文公开通过检测目标核酸内的核苷酸变异(如融合)来检测ROS1相关癌症的存在的方法，所述方法包括对来自患有癌症的受试者的组织样品进行荧光原位杂交(FISH)，其中用于杂交的探针位于ROS1融合的断裂点的侧面，其中所述探针被不同地标记，并且其中所述探针的分离指示ROS1相关癌症的存在。在基于FISH的检测方法的情况下，紧密放置的杂交探针指示野生型RTK，例如像ROS1。

另一方面，本文公开用于诊断ROS1相关癌症的试剂盒，所述试剂盒包括(a)用第一检测试剂标记的第一引物，其中所述第一引物是反向引物，其中所述反向引物是与编码SEQ ID NO 1的氨基酸序列的第一多核苷酸或其互补序列杂交的一个或多个多核苷酸；以及(b)至少一个第二引物，其中所述第二引物是正向引物，其中所述正向引物是与编码野生型ROS1的第二多核苷酸杂交的一个或多个多核苷酸。

所公开方法和组合物的另外优点将在以下描述中部分阐述，并且将从描述中部分地理解，或可以通过实践所公开的方法和组合物来习得。所公开方法和组合物的优点将借助在所附权利要求书中特别指出的要素和组合来实现并且达成。应了解上文一般描述与下文详细描述均仅仅是示例性和解释性的，并且不限制所要求的本发明。

附图简述

并入本说明书中并且构成本说明书的一部分的附图说明所公开方法和组合物的一些实施方案，并且与描述一起用于阐释所公开方法和组合物的原理。

图1示出在由于融合激酶的产生所致的肿瘤发生中涉及的受体酪氨酸激酶(RTK)的示意性图示。所述图示出正常的跨膜RTK。在各RTK下方以红色示出的蛋白质与所述激酶形成组成型活性致癌融合。