[发明专利]一种用于糖丝菌的PCR引物及检测糖丝菌的方法及试剂盒

说明书

技术领域

本发明涉及微生物领域，具体涉及一种用于糖丝菌的PCR引物及检测糖丝菌的方法及试剂盒。

背景技术

糖丝菌属细菌属于放线菌目假诺卡氏菌科，是一类好氧的革兰氏阳性菌，大多数糖丝菌能在沙漠中广泛生长。糖丝菌具有一个相对快速和简单的生长周期，可作为实验系统进行科学研究。

糖丝菌具有重要的应用价值，分离到的多株糖丝菌能生产多种强效抗菌素。另外糖丝菌能够以蒽、菲、芘为惟一碳源和能源，降解及利用一些环境污染物及有机物如烷烃。因此糖丝菌越来越为人们所关注。

现有技术中，有两种常用的对糖丝菌进行鉴定的方法：

1、生理生化指标鉴定。此方法是目前许多生化实验室常用的方法，此方法需要得到菌株的纯培养物，且实验周期长，实验结果受人为观察影响因素较大，准确性不高。

2、提取菌株DNA进行测序。目前是用16SrRNA基因引物进行PCR扩增，将扩增出的DNA片段进行测序。此方法结果比较准确。但仍需要得到菌株的纯培养物，无法从混合样品中快速鉴定是否含有假单胞菌。

因此本领域迫切需要开发出一种能够快速、准确判定糖丝菌的方法。

发明内容

本发明所需要解决的技术问题是针对现有技术鉴定糖丝菌试验

周期长、适用范围窄的不足，提供一种能够快速、准确、方便，可对混合样品如土壤、海底沉积物、水中是否含有糖丝菌进行快速判定的方法。

为了实现上述目的，本申请发明人设计了一对针对糖丝菌16SrDNA基因部分片段的PCR引物，设计简并引物：Sac-F：5’-GCGGTTTGTTGCGTCGG-3’（如SEQ ID No.1所示），Sac-R：5’-TAGCACCCACCGTTTACG-3’（如SEQ ID No.2所示）。

所述16S rDNA基因是指基因组中编码16S核糖体RNA（rRNA）分子的对应的DNA序列，也就是编码16S rRNA的基因，本发明所述引物的16S rDNA目的基因具体如下：

GAGGCAGACCTCGCTGCTTACCATGCAGTCGAGCGGTAAGGCCCTTCGGGGTACACGAGCGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCTGTACTCTGGGATAAGCCTGGGAAACTAGGTCTAATACCGGATATGACTCCACTAGGCATCTTGTGGGGTGGAAAGTTCCGGCGGTACAGGATGGACCCGCGGCCTATCAGCTTGTTGGTGGGGTAATGGCCTACCAAGGCGACGACGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGACCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCACCGACGCCGCGTGAGGGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAACCTCTTTCAGCAGGGACGAAGCGCAAGTGACGGTACCTGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGTGCGAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCTCGTAAGCGGTTTGTTGCGTCGGCTGTGAAAACTTCACGCTTAACGTGGAGCCTGCAGTCGATACGGGCAGACTTGAGTTCGGCAGGGGAGACTGGAATTCCTGGCGTAGCGGTGAAATGCGCAGATACCACGACGAACGCCGGTGGGGAAGGCGGGGCT（如SEQ ID No.3所示）。

本发明的术语“引物”指作为合成引物延伸产物的起始位点的单链寡核苷酸序列，其与待复制的核酸链互补，长度和序列必须适合于延伸产物的合成。引物是一段短的单链RNA或DNA片段，可结合在核酸链上与之互补的区域，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点，核酸聚合酶可由其3′端开始合成新的核酸链。体外人工设计的引物被广泛用于聚合酶链反应、测序和探针合成等。

本发明的目的之一是提供一种检测糖丝菌的试剂盒，包含用于扩增的PCR引物，其上游引物序列如SEQ ID No.1所示，下游引物序列如SEQ ID No.2所示。

本发明还提供一种检测糖丝菌的方法，包含以下步骤：

步骤1：配制PCR反应体系，94℃预变性10分钟进行30个PCR循环，循环完毕后72℃延伸10分钟；所述PCR反应体系中上游引物序列如SEQ ID No.1所示，下游引物序列如SEQ ID No.2所示；