[发明专利]一种与鸡背部羽毛成熟性相关的分子遗传标记及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及鸡背部羽毛成熟性相关的分子标记育种技术，具体涉及一种与鸡背部羽毛成熟性相关的分子遗传标记及其应用。

背景技术

优质肉鸡是我国肉鸡养殖业一大特色，随着消费者生活水平的提高和受传统消费习惯的影响，对优质鸡体型外貌的要求也越来越严格。体型外貌和羽毛成熟性等包装性状可以反映出肉鸡的饲养方式或饲养日龄。优质肉鸡相较于其它快大型肉鸡品种，其生长速度慢且早熟性差、上市日龄长、耗料量大。上市日龄鸡羽毛发育均匀度较差为大多优质肉鸡的一大缺点，羽毛成熟度是判断肉鸡性成熟的重要指标之一，人们通常习惯观察鸡背部羽毛间接判定肉鸡品质和饲养日龄，刘清朝等（刘清朝，张德祥，黄军，土鸡羽毛成熟度的选育效果分析，中国家禽科学研究进展——第十四次全国家禽科学学术讨论会论文集2009-07-01）以三黄鸡为素材，采用传统的选育方法，表明干毛组后代鸡群的主翼羽脱换速度、早熟性、开产日龄以及干毛比例等性状均优于未干毛组后代鸡群，羽毛成熟性好的优质肉鸡屠宰后胴体美观。

血管内皮生长因子受体2（VEGFR2）为细胞特异性表面膜受体，为酪氨酸激酶受体，具有较高亲和力，作为一种典型跨膜镶嵌蛋白，主要分为胞外区、跨膜区和膜内区3部分。血管内皮生长因子（VEGF）生物学功能需与VEGFR2结合而产生，VEGFR-2基因上单核苷酸多态位点（SNP）可以通过影响结合效率或降低VEGFR2的转录活性进而影响生产性能和疾病。根据候选基因分析法的有关原理，VEGFR2基因筛选为优质鸡羽毛成熟性的理想分子标记。

鸡羽毛成熟度包含多个性状，其中“干毛”是指优质鸡体羽发育成熟时的羽毛特征，此时羽毛根部毛管收缩、中空透明、不含羽髓液。上市优质鸡体羽干毛程度很大程度上影响售价。常规的“干毛”数量遗传的选育通过主翼羽肉眼观察评分，但通过背部羽毛和分子标记辅助选择的方法评判鸡羽毛成熟度尚无报道，分子标记具有早期选育、快速高效等特点。

发明内容

本发明一方面提供一种与鸡背部羽毛成熟性相关的遗传标记，通过该遗传标记可以预测鸡的背部羽毛成熟度性状（干毛性状），从而可用于优质鸡羽毛成熟性的分子标记辅助育种。

本发明通过以下技术方案实现：

本发明提供一种与鸡背部羽毛成熟性相关的分子遗传标记，其是与鸡羽毛成熟度相关的VEGFR2基因上的4个多态位点，分别是exon5-A160G、intron7-C1469G、exon10-A69G和exon9-C88T，分子遗传标记包含如序列表中序列1～4所示的核苷酸序列。其中，序列1的第140bp处有一个A/G突变（在序列表序列1中标注为r），序列2的第132bp处有一个C/G突变（在序列表序列2中标注为s），序列3的第110bp处有一个A/G突变（在序列表序列3中标注为r），序列4的第490bp处有一个C/T突变（在序列表序列4中标注为y）。

本发明第二方面还提供4对引物，包括分别用于扩增序列表中序列1～4所示核苷酸序列的4对引物M1、M2、M3、R5，4对引物的序列分别如下：

1）引物M1----上游引物：TGTTCCTGATGGCAAATCAA；下游引物：TGGGTCACCATGCTGTAGAA；

2）引物M2----上游引物：TGTTCAAGGGAAAGGACTGG；下游引物：ACCATTTTGCCTCTGGAGAA；

3）引物M3----上游引物：GAAGCCTTGTGGGAGGTGTA；下游引物：AGCTGCCAATACCACAGGAC；

4）引物R5----上游引物：TGTTCAAGGGAAAGGACTGG；下游引物：CTCTACCACCCATCCTGGAG。

筛选与鸡的背部羽毛成熟性相关的上述遗传标记的方法，包括如下步骤：从鸡血液中提取基因组DNA，用上文所述的4对引物分别在鸡的基因组DNA中进行PCR扩增，对PCR扩增产物纯化和克隆测序，获得如序列表中序列1～4所示的核苷酸序列。

本发明提供了鉴定上述序列1第140bp处A/G突变、序列2第132bp处C/G突变、序列3第110bp处A/G突变的PCR‐SSCP分型方法，其步骤包括：分别用引物M1、M2、M3在鸡基因组DNA中进行PCR扩增，分别将3μL M1、M2、M3的PCR扩增产物与7μL SSCP上样缓冲液混合，在PCR仪上95℃变性10min，立即取出于冰上放置5min，进行聚丙烯酰胺凝胶电泳分型。