[发明专利]一种能够减小微量核酸物质整体扩增时产生偏倚的扩增方法在审
申请号: | 201310562192.0 | 申请日: | 2013-11-13 |
公开(公告)号: | CN104630202A | 公开(公告)日: | 2015-05-20 |
发明(设计)人: | 黄岩谊;傅语思;汤富酬;陆思嘉;谢晓亮 | 申请(专利权)人: | 北京大学 |
主分类号: | C12N15/10 | 分类号: | C12N15/10;C12Q1/68 |
代理公司: | 无 | 代理人: | 无 |
地址: | 100871*** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 能够 减小 微量 核酸 物质 整体 扩增 产生 偏倚 方法 | ||
1.一种能够减小微量核酸物质整体扩增时产生偏倚的扩增方法,其特征在于,将所述核酸物质随机分散到若干互不连通的独立反应体系中后再进行扩增,扩增使用的引物序列中包含3-20个随机碱基,随机碱基随机选自A、G、C、T中的二个、三个或四个。
2.根据权利要求1所述的方法,扩增使用的引物为由3-20个随机碱基组成的序列,随机碱基随机选自A、G、C、T中的二个、三个或四个。
3.根据权利要求1所述方法,所述的引物中可以包含非自然或者修饰过的碱基,以及与碱基作用的其他物质,如:锁核酸、5′-硝基吲哚、硫代磷酸寡核苷酸。
4.根据权利要求1所述的方法,所述的独立反应体系的体积为0.5fL-100nL,优选1fL-10nL,更优选10fL-1nL。
5.根据权利要求1所述的方法,所述独立反应体系可以由油、水、水凝胶、聚二甲基硅氧烷、塑料、硅片、玻璃、空气中任意不互溶的两相分散而成。
6.根据权利要求1所述的方法,所述的分散的方法可以是超声分散或使用液体操作系统进行分散。
7.根据权利要求6所述的方法,所述的液体操作系统可以是微流控芯片。
8.根据权利要求1所述的方法,所述的扩增可以是MDA(多重置换扩增)、PCR(聚合酶链式反应)、RCA(滚环扩增)、MALBAC(多次退火环状循环扩增)。
9.根据权利要求1所述的方法,所述的核酸物质的序列为未知的。
10.根据权利要求1所述的方法,所述的微量核酸物质的质量小于10ng,优选小于1ng。
11.根据权利要求1所述的方法,每个反应体系中核酸物质的含量为0个至50个分子,优选为0-20个分子,更优选为0-10个分子。
12.根据权利要求1所述方法,所述的分散至若干独立反应体系中的若干,是指2个以上,优选2-1020个,更优选2-108个。
13.根据权利要求1所述方法,所述的核酸物质包含单链DNA;双链DNA;单链RNA;双链RNA;双链RNA/DNA杂交体;部分杂交的DNA以及RNA;经过酶学、化学、生物学方法处理过的DNA或RNA,如:经过免疫沉淀后提取的DNA、亚硫酸盐处理后的DNA、经过甲基转移酶处理后的DNA、RNA经过逆转录处理后的cDNA等。
14.根据权利要求1所述方法,所述的核酸物质可以不来自于自然界,可以为人工合成的核酸物质或自然界核酸物质的某种化学处理产物,可以来自细胞、亚细胞单位、染色体、核酸分子中的一种或多种,可以来自单细胞,单染色体,单个核酸分子,痕量核酸中的一种或多种。
15.根据权利要求1所述的方法,扩增结束后可以进行产物回收。
16.根据权利要求15所述的方法,产物回收的方法可以为加入乙醇、异丁醇等破乳剂使独立的反应体系相连通。
17.一种对微量核酸物质进行全基因组测序的方法,其特征在于,使用权利要求1-16中的扩增方法进行扩增,再进行产物回收、建库及测序。
18.一种对微量核酸物质进行转录组测序的方法,其特征在于,使用权利要求1-16中的扩增方法进行扩增,再进行产物回收、建库及测序。
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