[发明专利]同时对多种核酸样本进行测序的方法无效
| 申请号: | 201310495699.9 | 申请日: | 2013-10-21 |
| 公开(公告)号: | CN103602726A | 公开(公告)日: | 2014-02-26 |
| 发明(设计)人: | 田埂;方建火;郎继东;张丽娜 | 申请(专利权)人: | 田埂 |
| 主分类号: | C12Q1/68 | 分类号: | C12Q1/68 |
| 代理公司: | 北京清亦华知识产权代理事务所(普通合伙) 11201 | 代理人: | 李志东 |
| 地址: | 100084 北京市海*** | 国省代码: | 北京;11 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 同时 多种 核酸 样本 进行 方法 | ||
1.一种同时对多种核酸样本进行测序的方法,其特征在于,包括以下步骤:
将多种核酸样本分别进行接头连接,以便获得连接接头的核酸样本,其中,针对不同的核酸样本采用不同的接头;
将所述连接接头的核酸样本分别进行第一PCR扩增,以便获得多种第一PCR扩增产物;
将所述多种第一PCR扩增产物分别进行末端磷酸化,以便获得多种经过末端磷酸化的PCR扩增产物;
针对每一种核酸样本,分别将所述经过末端磷酸化的PCR扩增产物进行DNA连接,以便获得多种DNA连接产物;
将所述多种DNA连接产物进行混合,以便获得混合DNA连接产物;
将所述混合DNA连接产物进行3’末端添加碱基A,以便获得3’末端添加碱基A的连接产物;
将所述3’末端添加碱基A的连接产物连接测序接头,以便获得测序接头连接产物;
将所述测序接头连接产物进行第二PCR扩增,以便获得第二PCR扩增产物,所述第二PCR扩增产物构成所述多种核酸样本的混合测序文库;
将所述混合测序文库进行测序,以便获得测序结果;以及
基于所述测序结果中与所述接头相对应的序列,对所述测序结果进行分类,以便分别获得所述多种核酸样本各自的核酸序列。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述核酸样本来源于哺乳动物,优选人,更优选人的外周血,
任选地,所述核酸为DNA或RNA,
任选地,所述核酸为游离DNA。
3.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,在进行所述接头连接之前,进一步包括:
将所述多种核酸样本分别进行末端修复,
任选地,所述末端修复是利用Klenow片段、T4DNA聚合酶和T4多核苷酸激酶进行的,
任选地,利用T4DNA连接酶进行所述接头连接,
任选地,利用T4多核苷酸激酶进行所述末端磷酸化。
4.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,利用PE接头和T4DNA连接酶进行所述DNA连接。
5.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,在获得多种DNA连接产物之后,以及将所述多种DNA连接产物进行混合之前,进一步包括对所述多种DNA连接产物进行片段选择,
任选地,通过切胶回收或磁珠捕获进行所述片段选择。
6.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,利用Klenow(3’-5’exo-)进行所述3’端添加碱基A。
7.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,通过二代测序平台进行所述测序,
任选地,通过选自Illumina的Hiseq、GA系列测序仪、Life tech的Ion系列测序仪和罗氏公司的454系列测序仪的至少一种进行所述测序,优选Illumina Miseq。
8.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述测序接头连接产物的长度不大于测序仪的最长读长。
9.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,进一步包括:
对测序之前的各步骤的产物进行纯化回收,
任选地,通过磁珠法或PCR纯化试剂盒进行所述纯化回收。
10.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,当核酸样本数多于接头数时,进一步包括:
将所述核酸样本进行分组,以便使各组的核酸样本数不大于接头数;以及
针对每一组核酸样本,分别进行各步骤。
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