[发明专利]同时对多种核酸样本进行测序的方法无效

专利信息
申请号: 201310495699.9 申请日: 2013-10-21
公开(公告)号: CN103602726A 公开(公告)日: 2014-02-26
发明(设计)人: 田埂;方建火;郎继东;张丽娜 申请(专利权)人: 田埂
主分类号: C12Q1/68 分类号: C12Q1/68
代理公司: 北京清亦华知识产权代理事务所(普通合伙) 11201 代理人: 李志东
地址: 100084 北京市海*** 国省代码: 北京;11
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摘要:
搜索关键词: 同时 多种 核酸 样本 进行 方法
【权利要求书】:

1.一种同时对多种核酸样本进行测序的方法,其特征在于,包括以下步骤:

将多种核酸样本分别进行接头连接,以便获得连接接头的核酸样本,其中,针对不同的核酸样本采用不同的接头;

将所述连接接头的核酸样本分别进行第一PCR扩增,以便获得多种第一PCR扩增产物;

将所述多种第一PCR扩增产物分别进行末端磷酸化,以便获得多种经过末端磷酸化的PCR扩增产物;

针对每一种核酸样本,分别将所述经过末端磷酸化的PCR扩增产物进行DNA连接,以便获得多种DNA连接产物;

将所述多种DNA连接产物进行混合,以便获得混合DNA连接产物;

将所述混合DNA连接产物进行3’末端添加碱基A,以便获得3’末端添加碱基A的连接产物;

将所述3’末端添加碱基A的连接产物连接测序接头,以便获得测序接头连接产物;

将所述测序接头连接产物进行第二PCR扩增,以便获得第二PCR扩增产物,所述第二PCR扩增产物构成所述多种核酸样本的混合测序文库;

将所述混合测序文库进行测序,以便获得测序结果;以及

基于所述测序结果中与所述接头相对应的序列,对所述测序结果进行分类,以便分别获得所述多种核酸样本各自的核酸序列。

2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述核酸样本来源于哺乳动物,优选人,更优选人的外周血,

任选地,所述核酸为DNA或RNA,

任选地,所述核酸为游离DNA。

3.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,在进行所述接头连接之前,进一步包括:

将所述多种核酸样本分别进行末端修复,

任选地,所述末端修复是利用Klenow片段、T4DNA聚合酶和T4多核苷酸激酶进行的,

任选地,利用T4DNA连接酶进行所述接头连接,

任选地,利用T4多核苷酸激酶进行所述末端磷酸化。

4.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,利用PE接头和T4DNA连接酶进行所述DNA连接。

5.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,在获得多种DNA连接产物之后,以及将所述多种DNA连接产物进行混合之前,进一步包括对所述多种DNA连接产物进行片段选择,

任选地,通过切胶回收或磁珠捕获进行所述片段选择。

6.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,利用Klenow(3’-5’exo-)进行所述3’端添加碱基A。

7.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,通过二代测序平台进行所述测序,

任选地,通过选自Illumina的Hiseq、GA系列测序仪、Life tech的Ion系列测序仪和罗氏公司的454系列测序仪的至少一种进行所述测序,优选Illumina Miseq。

8.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述测序接头连接产物的长度不大于测序仪的最长读长。

9.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,进一步包括:

对测序之前的各步骤的产物进行纯化回收,

任选地,通过磁珠法或PCR纯化试剂盒进行所述纯化回收。

10.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,当核酸样本数多于接头数时,进一步包括:

将所述核酸样本进行分组,以便使各组的核酸样本数不大于接头数;以及

针对每一组核酸样本,分别进行各步骤。

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