[发明专利]非标记SNP检测方法在审
申请号: | 201310485829.0 | 申请日: | 2013-10-17 |
公开(公告)号: | CN103614459A | 公开(公告)日: | 2014-03-05 |
发明(设计)人: | 胡军;方晨 | 申请(专利权)人: | 苏州青山生物科技有限公司 |
主分类号: | C12Q1/68 | 分类号: | C12Q1/68 |
代理公司: | 暂无信息 | 代理人: | 暂无信息 |
地址: | 215000 江苏省苏州*** | 国省代码: | 江苏;32 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 标记 snp 检测 方法 | ||
1.一种非标记SNP检测方法,其特征在于,包括:
(1)提供两种以上寡核苷酸探针,并将其中至少一种寡核苷酸探针通过三硫代金刚烷衍生物连接至金基体表面;
(2)将该两种以上寡核苷酸探针置于适于进行DNA杂交反应的环境中,并加入目标DNA进行杂交反应;
(3)在杂交反应过程中和/或在杂交反应完成后,通过对杂交反应体系和/或杂交反应形成的产物的相关特征性参数进行检测,实现对目标DNA的检测。
2.根据权利要求1所述的非标记SNP检测方法,其特征在于,步骤(1)包括:将两种以上寡核苷酸探针分别通过三硫代金刚烷衍生物连接至金基体表面,所述金基体包含金纳米粒子。
3.根据权利要求2所述的非标记SNP检测方法,其特征在于,该方法包括:
(2)将两种寡核苷酸探针置于适于进行寡核苷酸杂交反应的环境中,并分别加入目标DNA、具有与该两种寡核苷酸探针完全互补的序列的DNA标准品、具有一个以上与该两种寡核苷酸探针非匹配位点的DNA标准品以及与该两种寡核苷酸探针完全非互补的DNA标准品,并进行杂交反应;
(3)对由所述目标DNA、具有与该两种寡核苷酸探针完全互补的序列的DNA标准品、具有一个以上与该两种寡核苷酸探针非匹配位点的DNA标准品以及与该两种寡核苷酸探针完全非互补的DNA标准品与该两种寡核苷酸探针反应形成的杂交产物的熔点分别进行检测,并确定所述非匹配位点的数量与所述杂交产物的熔点之间的对应关系,进而实现对目标DNA的检测。
4.根据权利要求3所述的非标记SNP检测方法,其特征在于,步骤(3)中检测所述杂交产物熔点的方法包括:将所述杂交产物置于适于进行寡核苷酸杂交反应的环境中,调整环境温度,并实时测量吸收光谱随温度的变化情况,进而测得所述杂交产物的熔点。
5.根据权利要求1所述的非标记SNP检测方法,其特征在于,步骤(1)包括:将一种寡核苷酸探针分别通过三硫代金刚烷衍生物连接至金基体表面,所述金基体包含金薄膜芯片。
6.根据权利要求5所述的非标记SNP检测方法,其特征在于,步骤(2)包括:
i.将连接在金薄膜芯片上的一种寡核苷酸探针置于适于进行寡核苷酸杂交反应的环境中,并加入目标DNA进行杂交反应,同时以SPR光谱实时观测所述杂交反应过程;
ii.将另一种寡核苷酸探针加入步骤i形成的混合反应体系中,并继续进行杂交反应,同时以SPR光谱实时观测所述杂交反应过程。
7.根据权利要求6所述的非标记SNP检测方法,其特征在于,该方法包括:
(2)
i.将连接在金薄膜芯片上的一种寡核苷酸探针置于适于进行寡核苷酸杂交反应的环境中,并分别加入目标DNA、具有与该两种寡核苷酸探针完全互补的序列的DNA标准品、具有一个以上与该两种寡核苷酸探针非匹配位点的DNA标准品以及与该两种寡核苷酸探针完全非互补的DNA标准品,进行杂交反应,同时以SPR光谱实时观测所述杂交反应过程;
ii.将另一种寡核苷酸探针加入步骤i形成的混合反应体系中,并继续进行杂交反应,同时以SPR光谱实时观测所述杂交反应过程;
(3)确定所述SPR光谱参数变化与所述非匹配位点的数量之间的对应关系,进而实现对目标DNA的检测。
8.根据权利要求1-7中任一项所述的非标记SNP检测方法,其特征在于,所述三硫代金刚烷衍生物具有如下结构式:
其中,R包括任意基团。
9.根据权利要求8所述的非标记SNP检测方法,其特征在于,所述三硫代金刚烷衍生物至少选自如下化合物中的任一种:
其中,为分子连接间隔,Y包括糖、药物、氨基酸、多肽、代谢中间体、纳米构建体中的任意一种或两种以上的杂交体。
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