[发明专利]检测水稻香味等位基因的分子标记的引物和方法

权利要求书

1.一种检测水稻香味等位基因检测的分子标记的引物，其特征在于，包括如SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示的核苷酸序列。

2.权利要求1所述检测水稻香味等位基因检测的分子标记的引物，其特征在于，其核苷酸序列如SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示。

3.一种检测水稻香味等位基因的方法，其特征在于，包括以下步骤：

（1）以水稻总DNA为模板，用权利要求1或2所述的引物进行PCR扩增；

（2）将步骤（1）的产物用Alu Ⅰ酶切；

（3）将步骤（2）的酶切产物用凝胶电泳检测。

4.权利要求3所述检测水稻香味等位基因的方法，其特征在于，步骤（3）中，模板总DNA由为含有甜菜碱醛脱氢酶2基因的纯合香型水稻提取时，酶切产物含有分子量约为320bp和160bp的两种条带。

模板总DNA由非香型水稻提取时，酶切产物为分子量约480bp的条带；

模板总DNA由香型水稻与非香型水稻杂交后代的杂合子水稻提取时，酶切产物含有约分子量为480bp、320bp和160bp三种条带；

如模板总DNA由香型与非香型水稻杂交F1植株再自交的后代水稻提取，纯合型香稻含有分子量约为320bp和160bp两种条带；杂合子含有分子量约为480bp、320bp和160bp三种条带；纯合型非香稻含有分子量约为480bp的一种条带。

如模板总DNA由香型与非香型水稻杂交F1植株再与非香型水稻回交的后代水稻提取，纯合非香稻含有分子量约为480bp一种条带；对于杂合子含有分子量约为480bp、320bp和160bp三种条带。

5.权利要求3所述检测水稻香味等位基因的方法，其特征在于，步骤（1）中，PCR扩增程序为：93～95℃预变性4～7min；93～95℃变性42～50s、51～54℃退火42～50s、70～73℃延伸25～35s，共30～35个循环；最后70～73℃延伸9～12min。

6.权利要求3或5所述检测水稻香味等位基因的方法，其特征在于，步骤（1）中，PCR扩增程序为：94℃预变性5min；94℃变性45s、52℃退火45s、72℃延伸30s，共32个循环；最后72℃延伸10min。

7.权利要求3所述检测水稻香味等位基因的方法，其特征在于，步骤（2）中，酶切的反应条件为36～37℃下反应3～6小时。

8.权利要求3所述检测水稻香味等位基因的方法，其特征在于，步骤（3）中，所述的凝胶为0.8%～1.5%琼脂糖凝胶。

9.权利要求3所述检测水稻香味等位基因的方法，其特征在于，所述的水稻为温带非香粳型水稻、香型水稻、温带非香粳型水稻与香型水稻的杂交后代及其再自交或回交后代；其中的温带非香粳型水稻不包括甜菜碱醛脱氢酶2基因编码链第一个核苷酸下游+898处位点为胞嘧啶脱氧核苷酸的温带非香粳型水稻。