[发明专利]利用基于UBE3基因的核苷酸分子式鉴定核桃属植物的方法有效
申请号: | 201310455292.3 | 申请日: | 2013-09-29 |
公开(公告)号: | CN103509869A | 公开(公告)日: | 2014-01-15 |
发明(设计)人: | 索志立;张俊佩;裴东;李文英 | 申请(专利权)人: | 中国科学院植物研究所;中国林业科学研究院林业研究所;中国林业科学研究院林业新技术研究所 |
主分类号: | C12Q1/68 | 分类号: | C12Q1/68 |
代理公司: | 北京纪凯知识产权代理有限公司 11245 | 代理人: | 关畅 |
地址: | 100093 *** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 利用 基于 ube3 基因 核苷酸 分子式 鉴定 核桃 植物 方法 | ||
1.一种鉴定或辅助鉴定待测核桃属植物的方法,包括如下步骤:
(1)以待测核桃属植物的基因组DNA为模板,用由序列表中序列1和序列2所示的两条单链DNA分子组成的引物对进行PCR扩增,得到PCR产物;
(2)将所述PCR产物测序,根据测序结果列出所述待测核桃属植物的核苷酸分子式;
所述待测核桃属植物的核苷酸分子式的通式为:
B14B57B97B294B296B335B369B429B431B494B518B567B594B635B666;
在所述通式中,所述B14、所述B57、所述B97、所述B294、所述B296、所述B335、所述B369、所述B429、所述B431、所述B494、所述B518、所述B567、所述B594、所述B635和所述B666,依次表示在所述PCR产物的核苷酸序列中,将所述PCR产物的核苷酸序列自5’端的第56个碱基记为第1个碱基,沿着所述PCR产物的核苷酸序列向3’端方向顺次计数的第14、57、97、294、296、335、369、429、431、494、518、567、594、635和666个碱基;
在所述通式中,每一个B为A、T、C和G四种碱基中的一种或两种的叠加;
(3)将步骤(2)所得所述待测核桃属植物的核苷酸分子式与核苷酸分子式组I进行比对;
所述核苷酸分子式组I由如下a1)-a7)共7种核苷酸分子式组成:
a1)W14R57R97A294W296Y335Y369M429Y431C494R518C567Y594C635Y666;
a2)T14A57A97A294A296C335C369A429T431C494A518C567C594C635C666;
a3)A14G57G97A294T296T335T369C429C431C494G518C567T594C635T666;
a4)A14G57A97A294T296T335T369C429C431C494G518C567T594C635T666;
a5)T14G57A97G294T296T335C369A429C431T494G518C567T594T635T666;
a6)T14G57A97G294T296T335C369A429C431T494G518T567T594T635T666;
a7)T14G57A97G294T296T335C369A429C431T494G518C567T594C635T666;
在a1)中,W表示碱基A和T;R表示碱基A和G;Y表示碱基T和C;M表示碱基A和C;
(4)根据步骤(3)的比对结果,按照如下方法对所述待测核桃属植物进行鉴定:
若所述待测核桃属植物的核苷酸分子式为a1)所示的核苷酸分子式,则所述待测核桃属植物为或候选为麻核桃(Juglans hopeiensis);
若所述待测核桃属植物的核苷酸分子式为a2)所示的核苷酸分子式,则所述待测核桃属植物为或候选为核桃楸(Juglans mandshurica);
若所述待测核桃属植物的核苷酸分子式为a3)所示的核苷酸分子式,则所述待测核桃属植物为或候选为核桃(Juglans regia);
若所述待测核桃属植物的核苷酸分子式为a4)所示的核苷酸分子式,则所述待测核桃属植物为或候选为泡核桃(Juglans sigillata);
若所述待测核桃属植物的核苷酸分子式为a5)所示的核苷酸分子式,则所述待测核桃属植物为或候选为美国东部黑核桃(Juglans nigra);
若所述待测核桃属植物的核苷酸分子式为a6)所示的核苷酸分子式,则所述待测核桃属植物为或候选为魁核桃(Juglans major);
若所述待测核桃属植物的核苷酸分子式为a7)所示的核苷酸分子式,则所述待测核桃属植物为或候选为美国北加州黑核桃(Juglans hindsii)。
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