[发明专利]一种管角螺微卫星位点及引物

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学DNA标记技术领域，具体涉及一种管角螺微卫星位点及引物。

背景技术

微卫星DNA(Microsatellite)：又称为短串联重复序列(short tandem repeats，STRs)或简单序列重复(simple sequence repeats，SSRs)，是指由1-6个核苷酸为核心序列组成的一个简单串联DNA重复单位，头尾相连的重复序列。在迄今研究过的所有生物种类中都发现了它的存在，并且分布密度很大，表现出高度的多态性。由于微卫星具有多态性丰富、遵循孟德尔分离定律、共显性遗传等特点，已成为种群遗传学、家系分析、连锁图谱构建、进化研究中使用最为广泛的遗传标记。

管角螺(Hemifusus tuba)俗称响螺、角螺，隶属于软体动物门(Mollusca)，腹足纲(Gastropoda)、新腹足目(Neogastropoda)、盔螺科(Melongenidae)，生活在近海水深10-40余米砂泥质海底，成体壳高12-20cm(约150-300g)，最大壳高30cm(体重500g)以上，为浅海较大型的经济腹足类。在我国浙江、江苏、广西和广东等各省的沿海都有分布。近年来随着市场需求量的增加，造成了野生管角螺的过度捕捞，加上海洋环境的污染等人为干扰因素，使得沿海的管角螺自然资源量日益减少。为了实现管角螺资源的可持续开发利用，迫切需要对其种群的自然资源现状进行调查研究。微卫星分子标记被广泛应用于物种的群体遗传学研究领域，是一种高效、可靠的分子标记，因此，筛选出有效的微卫星标记可以为管角螺资源的群体遗传学分析提供有力工具。

发明内容

本发明的目的是提供管角螺微卫星位点及多态性引物，即提供6个管角螺的微卫星位点，以及相应的多态性引物，为管角螺的种群遗传学、家系鉴定及分子标记辅助育种技术提供有效的工具。

本发明一个方面提供管角螺微卫星位点，其核酸序列为SEQ ID NO:1-6中的任一个。

本发明还提供从上述6个微卫星位点上设计的引物对，其中序列为SEQ ID NO：1的微卫星位点设计的引物对，其上下游序列分别为SEQ ID NO：7、SEQ ID NO：8。

序列为SEQ ID NO：2的微卫星位点设计的引物对，其上下游序列分别为SEQ ID NO：9、SEQ ID NO：10。

序列为SEQ ID NO：3的微卫星位点设计的引物对，其上下游序列分别为SEQ ID NO：11、SEQ ID NO：12。

序列为SEQ ID NO：4的微卫星位点设计的引物对，其上下游序列分别为SEQ ID NO：13、SEQ ID NO：14。

序列为SEQ ID NO：5的微卫星位点设计的引物对，其上下游序列分别为SEQ ID NO：15、SEQ ID NO：16。

序列为SEQ ID NO：6的微卫星位点设计的引物对，其上下游序列分别为SEQ ID NO：17、SEQ ID NO：18。

本发明的微卫星多态性引物用于管角螺种群遗传多样性的检测，步骤如下：

1）基因组DNA的提取：采用苯酚-氯仿法抽提管角螺腹足肌肉组织的基因组DNA；

2）微卫星PCR扩增：以管角螺基因组DNA为模板，采用设计的引物进行PCR反应，获得管角螺个体微卫星扩增产物；

3）电泳检测扩增产物：采用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染法检测微卫星扩增产物；

4）遗传多样性分析：根据每个个体微卫星扩增产物的分子量大小确定基因型，采用GENEPOP4.0.10计算遗传多样性参数。

本发明从管角螺转录组cDNA中筛选6个微卫星位点，并在微卫星重复序列两端的侧翼区设计特异性引物进行扩增，获得的产物具有高度的多态性和稳定性，可用于管角螺的群体遗传学、亲缘关系分析、分子标记辅助育种等领域。

附图说明

图1：不同亲本数量的管角螺家系中6个微卫星位点的鉴定成功率。

具体实施方式

下面结合具体实施例对本发明的方法进行详细的描述，对于实施例中未注明具体条件的实验方法，通常可按常规条件，如J.萨姆布鲁克（Sambrook）等编写的《分子克隆实验指南》中所述的条件，或按照制造厂商所建议的条件运行。

一、微卫星位点的筛选

1、含有微卫星位点的序列查找：