[发明专利]用于检测百合属植物微卫星标记的引物

说明书

技术领域

本发明涉及分子生物学DNA标记技术与应用领域，特别涉及用于检测百合属植物微卫星标记的引物。

背景技术

微卫星标记，也称SSR标记，是一种共显性标记，具有多态性高，重复性好，易于检测的优点，被广泛应用于种质资源亲缘关系鉴定、遗传图谱构建、功能基因的筛选和分子标记辅助育种等工作中。微卫星的来源有三种：利用已公布的表达序列标签信息；利用基因组信息；利用转录组信息。

百合的基因组巨大(36GB)，重复序列多，现有的技术尚不足以进行百合全基因组测序。截止2013年7月16日，GeneBank公布的百合属表达序列标签（EST）有4099条，先后有杨素丽、Sung-Il Lee和杜方等利用EST序列开发了共35个百合微卫星标记。显然，由于GeneBank公布的百合属表达序列标签数量有限，所能开发的微卫星标记的数量也是有限的。应用新一代高通量测序平台Illumina HiseqTM 2000能够以较低的价格、较快的速度获得较多的转录组信息，是大量开发百合微卫星标记的有效方法。

本发明利用本课题组前期开发的东方百合“索邦”六组织的转录组信息寻找微卫星，经5类百合品种和8个野生型百合共32个不同基因型百合筛选，得到57个不同于前人的具有多态性的通用型标记。

发明内容

本发明要解决的技术问题是，克服现有技术中百合分子标记数量不足的缺点，提供一组用于检测百合属植物微卫星标记的引物，增加百合属分子标记的数量以应用于今后的育种工作中。

为了解决技术问题，本发明提供了一组用于检测百合属植物微卫星标记的引物，该组引物共有57个引物对且在检测过程中同时使用，57个引物对的序列如SEQ ID NO: 1至SEQ ID NO: 114所示。

所述百合属植物是指下述32种百合材料：布鲁内罗、拉丁红、白萘丽、帕凡、爱莱尔、红色风暴、波蒂尼、芬雅、法吉奥、晚安、响玲、白精灵、莱瑞芙、索邦、里伯拉、水晶布兰卡、走廊、甜梦、马可波罗、眼镜蛇、科瓦那、西安、仙女宁芙、木门、卷丹、巨球百合、野百合、兰州百合、东北山丹、北京山丹、山西山丹、药百合。

表1  东方百合“索邦”转录组微卫星标记的特征（SEQ ID NO：1-114）

相对于现有技术，本产品发明的有益效果是：

（1）本发明的57个微卫星标记在32个百合种或品种中有多态性，在32个百合种或品种中进行的遗传多样性分析与百合属植物分类常识相吻合(图1)，是稳定存在的新标记，可以直接将本发明所提供的57个标记应用于更多百合属植物上，进行种质资源遗传多样性分析、遗传图谱构建和分子标记辅助育种中。

（2）本发明的57 个微卫星标记来自于“索邦”百合六个组织，这为研究这些标记所可能具有的功能奠定了良好的基础。

附图说明

图1为标记Uni22588、Uni18749、Uni19349在部分百合材料中PCR扩增产物电泳结果。

图2 为3130遗传分析结果，显示标记Uni12415和Cl1569Con2在两百合材料中的多态性，图中数字表示PCR产物大小。

图3 为基于57个微卫星标记构建的32份百合属植物UPGMA聚类图。

图中品种或种名后的字母代表百合的类型： A，亚洲百合杂种；L，铁炮百合杂种；LA，铁亚百合杂种；O, 东方百合杂种；OT，东喇百合杂种；W，野生型百合。

具体实施方式

本发明57个由东方百合“索邦”转录组开发的微卫星标记是通过下述方法得到的：