[发明专利]中华鳖小RNA病毒基因组全序列及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及病毒基因组学领域。更具体地，本发明涉及中华鳖小RNA病毒的基因组序列及其应用。

背景技术

中华鳖，拉丁文：Pelodiscus sinensis (Wiegmann, 1835)，中文俗称甲鱼、水鱼、团鱼和王八等，英文俗名：Chinese softshell turtle，属于龟鳖目鳖科鳖属，是一种珍贵的、经济价值很高的水生动物。中华鳖的肉味鲜美，营养丰富，蛋白质含量高，尤以裙边更是脍炙人口的美味佳肴。2010年中国中华鳖养殖产量26.6万吨，其中浙江省养殖产量占全国中华鳖产量的46.6%。

小RNA病毒是单正链RNA病毒，能广泛感染人、其他脊椎动物。病毒病的早期诊断与疫苗免疫对病毒病的预防起着关键作用，而病毒基因组的核苷酸序列可以作为检测体内、外病毒的特异性分子标记，亦是研制抗病毒药物的靶标及病毒疫苗的基本素材。中华鳖小RNA病毒可引起中华鳖病毒性肝坏死肠出血症，并引起暴发性死亡。目前，对于中华鳖病毒性肝坏死肠出血症迄今人们尚无有效的治疗手段，接种疫苗是迄今人类控制该疾病最有效和最经济的手段。因此，分离、鉴定中华鳖小RNA病毒（Pelodiscus sinensis Picornavirus，PSPV）及其基因组是对中华鳖肝坏死肠出血症病毒核酸进行检测及研制病毒疫苗的前提条件。中华鳖小RNA病毒（Pelodiscus sinensis Picornavirus，PSPV）是发明人首次从患病中华鳖中分离获得的病毒，也是龟鳖科中发现的第一个小RNA病毒。此病毒的基因组序列信息及功能基因国内外还未见报道。

发明内容

针对现有技术缺乏中华鳖小RNA病毒的基因组序列信息，不利于中华鳖肝坏死肠出血症病毒核酸的检测及研制病毒疫苗的问题，本发明的目的在于设计提供中华鳖小RNA病毒的基因组序列及其应用的技术方案，本发明为检测中华鳖小RNA病毒核酸、研究中华鳖小RNA病毒感染途径等目的奠定可靠的基础。

在本发明的第一方面，提供了一种分离的核酸分子，所述核酸分子具有或其序列为SEQ ID NO ：1 所示的核苷酸序列或其反义序列。

在另一类优选例中，所述的核酸分子是DNA 或RNA。

在本发明的第二方面，提供了本发明第一方面中所述的核酸分子的用途，它们被用于制备检测中华鳖小RNA病毒核酸的引物、探针或试剂盒。

在另一类优选例中，所述的引物长度为15-100 个核苷酸。

在另一类优选例中，所述的探针的长度为25-5000 个核苷酸。

在另一类优选例中，所述的探针的长度为50-500 个核苷酸。

在本发明的第三方面，提供了一种分离的DNA分子，该DNA分子由SEQ ID NO ：1 所示序列或其反义序列中连续的150-8186 个核苷酸所构成。

在另一类优选例中，所述的DNA分子由SEQ ID NO ：1 所示序列或其反义序列中连续的300-8186 个核苷酸所构成。

在另一类优选例中，所述的DNA分子由SEQ ID NO ：1 所示序列或其反义序列中连续的1000-8186个核苷酸所构成。

应理解，在本发明范围内中，本发明的上述各技术特征和在下文( 如实施例) 中具体描述的各技术特征可以互相组合，从而构成新的或优选的技术方案。限于篇幅，在此不再一一赘述。

本发明通过对中华鳖小RNA病毒纯化、病毒基因组文库构建、病毒序列筛选及病毒全基因组序列组装，最终得到中华鳖小RNA病毒的基因组全序列，并且本发明利用该全序列用于制备检测中华鳖小RNA病毒核酸的引物、探针或试剂盒，为检测中华鳖小RNA病毒核酸、研究中华鳖小RNA病毒感染途径等目的奠定可靠的基础。

具体实施方式

本发明人经过广泛而深入的研究，首次获得了具有在中华鳖脾脏细胞上高效稳定增殖特性的中华鳖小RNA病毒全基因组序列。在此基础上，完成了本发明。

本发明的多核苷酸可以是DNA 形式或RNA 形式。DNA 形式包括cDNA、基因组DNA 或人工合成的DNA。DNA 可以是单链的或是双链的。DNA 可以是编码链或非编码链。