[发明专利]一种问号赖型钩端螺旋体复制基因挑选方法

说明书

技术领域

本发明属于微生物技术领域，涉及一种问号赖型钩端螺旋体复制基因挑选方法，具体地说，涉及一种问号赖型钩端螺旋体复制基因挑选方法。

背景技术

问号赖型钩端螺旋体(Leptospira interrogans serovarLai)是钩端螺旋体(钩体)的一种，钩端螺旋体是一种古老的微生物，在进化中属于真菌的一个分支。钩体病是一种世界范围内的人畜共患病，主要症状包括发热、肌肉痛、乏力，严重者发现为脏器广泛性出血，肾、肺功能损伤。我们所研究的问号赖型钩端螺旋体是具有代表性的一种具有剧毒的钩体，它的生物学特征和致病性有其独特性，也是我国两个流行菌型之一。问号赖型钩端螺旋体有两条染色体。虽然在预防和治疗钩体病方面取得了很大进展，但其遗传学特性和致病机理尚不完全清楚，期待通过其复制基因的研究来揭开其机理。

基因复制是指以亲代基因为模板合成子代基因的过程。基因复制可能是复制1个基因，1段染色体片断或者全基因组。复制基因被公认为是产生新物种、新功能所必需的材料来源。研究发现在真核生物(动物，植物等)、原核生物(细菌和古细菌)中，普遍存在着大量的复制基因。然而，大部分复制基因在几百万年是沉默的，只有少数正在或将来经历强的净化选择，尽管复制基因可能很少产生的新功能，但这些基因的随机沉默在新物种的间接起源上起了重要作用。

目前，虽然在预防和治疗钩端病取得了很大进展，但其遗传学特征和致病机理尚不能完全清楚，对复制基因的研究可揭开上述问题。而复制基因的准确获取及信息准确提取将是一个重要的问题之一。

发明内容

本发明的目的是克服现有技术的缺陷，提供一种问号赖型钩端螺旋体复制基因挑选方法。

其技术方案为：

一种问号赖型钩端螺旋体复制基因挑选方法，包括以下步骤：

1)获得问号赖型钩端螺旋体

问号赖型钩端螺旋体在NCBI下载，包括其各段基因信息；

2)挑选复制基因

通过Blast软件进行比对挑出复制基因，首先，我们筛除了可能的没有功能的序列，然后，用blast对比所有的问号赖型钩端螺旋体复制基因，选取对比分数在10^-8以下的，通过BLAST软件基于二参数模型，MATLAB，VC++软件进行挑选、比对，选择复制基因，再用Kestim61软件分别计算出每对复制基因的每个同义位点和非同义替代位点的替代数目，总共获得519对复制基因；

3)进化距离信息提取

基于二参数模型，用Kestim61软件分别计算每对复制基因的每个同义位点和每个非同义位点的替代数目，设分歧时间为T，α代表每单位时间单位位点的转换替代率，β代表每单位时间单位位点的颠换替代率，P指同源位点转换替代率，Q指同源位点颠换替代率.采用C++软件对Blast软件的结果进行筛选、精炼和识别，并采用Matlab和origin获得效果图，

ΔP(T)/ΔT＝2α-4(α+β)P(T)-2(α-β)Q(T)

ΔQ(T)/ΔT＝4β-8βQ(T)

P(0)＝Q(0)＝0.

同源位点转换替代计算公式：

P(T)=14-12e-4(α+β)T+14e-8βT]]>

同源位点颠换替代计算公式：