[发明专利]一种利用DNA熔解温度分析水稻Wx基因的功能标记Wx-a/b及其使用方法和应用

说明书

  

技术领域

本发明涉及生物技术领域，更具体地，涉及一种利用DNA熔解温度分析水 

稻Wx基因的功能标记Wx-a/b及其使用方法和应用。

背景技术

水稻是我国重要的农作物，适中的直链淀粉含量是高品质稻米的一个重要特性。稻米的直链淀粉含量(Amylose Content, AC)，是稻米食用口感最重要的影响因素之一；中低AC的籼稻，因软而不过于黏，受到消费者喜爱。传统的直链淀粉含量选择方法，是通过化学法测定，这种方法存在破坏性、效率低的缺点；同时，化学法无法在育种低世代（如F2单株世代）进行测定。最有效的选择，应是直接对直链淀粉基因型进行选择。 

研究表明，Wx基因对于稻米AC的高低具有决定性的作用。在非糯水稻品种中，Wx基因座位有Wx^a和Wx^b两种等位基因；Wx^b的第1内含子+1位点由野生型Wx^a的G突变为T，导致第1内含子剪接效率降低及剪接不正常，成熟Wx转录本含量降低从而引起直链淀粉含量下降。蔡秀玲等针对该位点开发功能标记了PCR-Acc I，通过Acc I酶酶切后电泳来区分Wx^a和Wx^b，其中基因型为Wx^b的种质总体上属于中低AC型；利用PCR-Acc I进行MAS，可定向导入Wx^b来改良高AC材料的稻米品质。但是，由于这一功能标记需酶切后再电泳分析，成本较高、操作较繁杂，使其难以得到普遍应用。 

成本低、简便实用、重复性好的共显性标记，是有效开展分子辅助选择育种的重要基础。DNA序列的差异会导致DNA熔解温度的不同，如Wx^a和Wx^b两种等位基因在第1内含子+1位点的G/T变异，将导致该DNA区段Wx^a比Wx^b的熔解解温度高1℃。如果能利用DNA熔解温度检测基因型，将可避免凝胶电泳的缺陷，实现批量化、自动化、全封闭的基因型检测。利用DNA熔解温度判别基因型在人类疾病的研究中已有报道，但是，该技术涉及环节较多、需详尽的前期优化工作，目前在水稻上系统开展此技术研究的报道较少，这在一定程度上限制了其在水稻育种中的广泛应用。 

发明内容

本发明所要解决的技术问题是，为了克服现有技术中Wx基因型检测方法的上述不足，提供一种利用DNA熔解温度分析水稻Wx基因的功能标记Wx-a/b。 

本发明所要解决的另一技术问题是，一种利用DNA熔解温度分析水稻Wx基因型的方法。 

本发明所要解决的上述技术问题，通过以下技术方案予以实现： 

一种利用DNA熔解温度分析水稻Wx基因的功能标记Wx-a/b，其特征在于，

所述的功能标记Wx-a/b由引物Wx-a/b-out、Wx-a/b-in构成，引物Wx-a/b-out由SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2组成；引物Wx-a/b-in由SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4组成。

SEQ ID NO:1的核苷酸序列（5’-3’）为TACCAGGACTTGTTTGGAGCTT；SEQ ID NO:2的核苷酸序列（5’-3’）为AAACCTTAACCATAGGAGCAGC； 

SEQ ID NO:3的核苷酸序列（5’-3’）为TGTTAGGTTGCATTTACTGGGAGT；SEQ ID NO:4的核苷酸序列（5’-3’）为CAAACCTTAACCATAGGAGCAGC。作为一种优选方案，所述的水稻是指品种为R173、日本晴的水稻。