[发明专利]IFITM3-rs12252基因中与人类重症流感相关的SNP标记及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及基因工程及分子生物学领域，具体地说，涉及IFITM3-rs12252基因中与人类重症流感相关的SNP标记及其应用。

背景技术

流感（Influenza）因其传染性强，发病率高，易引起暴发流行，严重威胁着人类的健康。虽然流感疫苗可以有效的预防流感的发生，但是流感病毒变异后可以削弱流感疫苗的效应。如2009年爆发的甲型H1N1流感，据统计，在我国确诊的12.7万例患者中，有8320例为重症及危重病例，死亡196例。由此可见，流感，尤其是重症流感已成为威胁人类健康的重大公共卫生问题。

干扰素诱导跨膜蛋白3（IFITM3）位于人类第11号染色体上，是近期发现的一种具有广谱抗囊膜病毒活性的蛋白，是由I型或II型干扰素（IFN）诱导产生的，它可以通过抑制流感病毒和其他包膜病毒进入细胞而限制病毒复制，缺失IFITM3基因后，IFN的抗病毒作用会明显变弱，由此，IFITM3是人体抗病毒免疫所必需的。

最新研究发现，IFIMT3的基因多态性与流感重症有关。目前，尚未发现有通过检测单个碱基突变来预测流感重症的相关报道。

发明内容

本发明的目的是提供IFITM3-rs12252基因中与人类重症流感相关的SNP标记及其应用。

为了实现本发明目的，本发明的一种与人类重症流感相关的SNP标记，其位于IFITM3-rs12252基因如SEQ ID NO.1所示序列的142bp处，此处碱基为C的个体发生重症流感的风险显著高于此处碱基为T的个体。

本发明还提供用于检测上述与人类重症流感相关的SNP标记的引物对，包括正向引物F5’-GAAAAGGAAACTGTTGAGAACCGAA-3’和反向引物R5’-GAGCCTCCTCCTAAACCTGCAC-3’。

本发明还提供上述特异性引物对的应用，旨在鉴定IFITM3的基因多态性。由于IFITM3的基因多态性（rs12252-C基因型）与流感重症有关，所述特异性引物对能够有效地鉴定出IFITM3-rs12252的不同基因型，IFITM3-rs12252-C基因型因改变了IFITM3蛋白的N末端蛋白结构而降低其限制病毒复制的能力。根据全球千人基因组数据显示，IFITM3-rs12252-C基因型在欧洲白种人中很罕见，而在亚洲人群中更为常见。更重要地，结合rs12252-CC基因型易于发生流感重症的数据，分析结果表明中国人群中发生严重感染的群体归因风险度高达54.3%。有临床研究发现2009年的H1N1流感大流行时，在具有肺炎、呼吸或肾脏衰竭等严重并发症的中国患者中，69%的人携带rs12252-CC基因型，而在病症轻微的患者中，只有25%的人携带这一遗传突变。统计分析结果显示，rs12252-CC基因型与CT/TT基因型相比，发生严重感染的风险增加了6倍。因此，IFITM3-rs12252基因多态性在流感的发生中起着非常重要的作用。

本发明还提供鉴定与人类重症流感相关的SNP标记的方法，其包括步骤：1）提取待测个体的基因组DNA；2）以待测个体的基因组DNA为模板，利用所述引物F和R，通过PCR反应扩增出IFITM3-rs12252基因片段；3）检测PCR扩增产物。

PCR反应使用的扩增体系以50μl计为：150-200ng/μl人基因组DNA1μl，10μM引物F和R各2μl，Premix Taq HS25μl，余量为水（ddH₂O）；其中，Premix Taq HS购自TaKaRa公司，货号：DR028A。

PCR反应使用的条件为：95℃10分钟；95℃60秒，55℃30秒，72℃30秒，35个循环；72℃5分钟。

步骤3）中检测PCR扩增产物采用RFLP法，具体为：用内切酶MscI对PCR扩增产物进行酶切，并对酶切产物进行琼脂糖凝胶电泳检测，如果检测结果仅为一条带（约600bp），则待测个体IFITM3-rs12252基因型为CC型，检测结果出现两条带（约450bp和约150bp），则待测个体IFITM3-rs12252基因型为TT型，检测结果出现三条带（约600bp、约450bp和约150bp），则待测个体IFITM3-rs12252基因型为杂合CT型。