[发明专利]SLA-11基因作为猪产仔数性状的遗传标记

说明书

技术领域

本发明涉及猪遗传标记制备技术领域，具体涉及一种SLA-11基因作为猪产仔数性状的遗传标记及应用，它包括猪SLA-11基因突变位点的检测方法与应用。

背景技术

母猪的繁殖性状是猪重要经济性状之一，但由于其遗传力低且为限性性状特点，导致了母猪繁殖性状常规选择进展缓慢。随着分子生物学技术的兴起和迅速发展，发展了常规育种与标记辅助选择(MAS)相结合的方法，可以有效地加快猪产仔数性状的选择进展。目前，分子标记鉴别的方法主要有基因组扫描法和候选基因法。而差异表达基因如果满足以下标准可以作为候选基因进行研究：染色体定位区域包含可分离的QTL；研究对象调控特定数量性状的重要性以及在特定的数量性状中是否存在差异表达。

在前期工作基础中，检测到SLA-2在大白猪和中国太湖猪排卵前卵泡中差异表达(Sun et al.，Microarray profiling for differential gene expression in PMSG-hCG stimulated preovulatory ovarian follicles of Chinese Taihu and Large White sows.BMC Genomics，2011)。将Ensembl猪基因组数据库(suscrofa10)上猪SLA-2基因序列与猪SLA-11基因序列进行比对后，发现猪SLA-2基因属于猪SLA-11基因一部分。因此，我们将SLA11基因作为产仔数的候选基因进行了研究。猪SLA(又称猪MHC)是由一系列紧密连锁的基因构成。Geffrotin等采用染色体原位杂交的方法将其定位于猪的第7号染色体着丝粒两边，通过进一步的精细定位发现SLA-2基因位于猪7号染色体短臂上(Geffrotin et al.，Assignment of MHC in swine to chromosome 7 by in situ hybridization and serological typing.Annales de Genetique，1984)。研究表明，猪SLA-2基因属于猪SLA-I类经典功能基因，SLA-2基因编码的前导链由24个氨基酸组成。猪SLA-I类基因包括猪SLA-1、SLA-2、SLA-3、SLA-9、SLA-1等(Joan K et al.，Mol ecular genetics of the swine major histocompatibility complex，the SLA complex.Developmental and Comparative Immunology，2009)。猪SLA-I类分子的主要生物学功能是参与诱导和调节免疫应答，另外猪SLA-I基因也直接或间接地参与调控生殖激素的分泌，与母猪发情配种和妊娠等生殖活动及产仔性能密切相关(李华等，SLA与繁殖性能的研究新进展，广东畜牧兽医科技，2003)。

发明内容

本发明的目的在于获得一种猪产仔数性状的遗传标记，克隆猪SLA-11基因序列，寻找突变位点以及基因多态性的检测方法，为猪的标记辅助提供一种新的选择方法。

本发明的技术方案如下：

本发明获得了一种猪产仔数性状的遗传标记，它是大白猪、太湖猪SLA-11基因的DNA序列，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：7、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：9、SEQ ID NO：10所示；通过上述序列进行ClustalW比对提供了位于该扩增片段68碱基处存在1个C/T突变(见图1，在序列表SEQ ID NO：15所示序列中，该突变碱基位于339bp处)，该突变导致PCR-MspI-RFLP多态性。

申请人设计了两对扩增猪SLA-11基因DNA序列的引物对，其核苷酸序列如SEQ ID NO：11、SEQ ID NO：12、SEQ ID NO：13和SEQ ID NO：14所示。