[发明专利]EPAS1基因突变体及其应用在审

专利信息
申请号: 201310048166.6 申请日: 2013-02-06
公开(公告)号: CN103911380A 公开(公告)日: 2014-07-09
发明(设计)人: 金鑫 申请(专利权)人: 深圳华大基因科技有限公司
主分类号: C12N15/12 分类号: C12N15/12;C12Q1/68;C12M1/34
代理公司: 北京清亦华知识产权代理事务所(普通合伙) 11201 代理人: 李志东
地址: 518083 广东省深圳市盐田*** 国省代码: 广东;44
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摘要:
搜索关键词: epas1 基因 突变体 及其 应用
【权利要求书】:

1.一种分离的编码EPAS1突变体的核酸,其特征在于,所述核酸与野生型EPAS1相比,在chr2,46441523位具有突变。

2.一种确定生物样品是否具有高原适应性的方法,其特征在于,包括以下步骤:

从所述生物样品提取核酸样本;

确定所述核酸样本的核酸序列;

所述核酸样本的核酸序列与野生型EPAS1相比,在chr2,46441523位具有突变是所述生物样品具有高原适应性的指示,

任选地,所述生物样本为选自人体血液、皮肤、皮下组织的至少一种,

任选地,所述核酸样本为全基因DNA。

3.根据权利要求2所述的方法,其特征在于,确定所述核酸样本的核酸序列进一步包括:

针对所述核酸样本,构建核酸测序文库;以及

对所述核酸测序文库进行测序,以便获得由多个测序数据构成的测序结果,

任选地,采用选自Hiseq2000、SOLiD、454和单分子测序装置的至少一种对所述核酸测序文库进行测序。

4.一种确定生物样品是否具有高原适应性的系统,其特征在于,包括:

核酸提取装置,所述核酸提取装置用于从所述生物样品提取核酸样本;

核酸序列确定装置,所述核酸序列确定装置与所述核酸提取装置相连,用于对所述核酸样本进行分析,以便确定所述核酸样本的核酸序列;以及

判断装置,所述判断装置与所述核酸序列确定装置相连,以便基于所述核酸样本的核酸序列与野生型EPAS1相比,是否在chr2,46441523位具有突变,判断所述生物样品是否具有高原适应性。

5.根据权利要求4所述的系统,其特征在于,所述核酸序列确定装置进一步包括:

文库构建单元,所述文库构建单元用于针对所述核酸样本,构建核酸测序文库;以及

测序单元,所述测序单元与所述文库构建单元相连,用于对所述核酸测序文库进行测序,以便获得由多个测序数据构成的测序结果。

6.根据权利要求5所述的系统,其特征在于,所述测序单元包括选自HISEQ2000、SOLiD、454和单分子测序装置的至少一种。

7.一种用于确定生物样品是否具有高原适应性的试剂盒,其特征在于,含有:

适于检测EPAS1基因突变体的试剂,其中与野生型EPAS1相比,所述EPAS1基因突变体在chr2,46441523位具有突变。

8.根据权利要求7所述的试剂盒,其特征在于,所述适于检测EPAS1基因突变体的试剂为核酸探针。

9.根据权利要求7所述的试剂盒,其特征在于,进一步包括EPAS1特异性引物。

10.根据权利要求9所述的试剂盒,其特征在于,所述EPAS1特异性引物为如下表所示的至少一组引物:

序号上游引物(5’-3’,SEQ ID NO:)下游引物(5’-3’,SEQ ID NO:)1CAGTGCCTGGCATGTAGTAG(1)AATGCATCTGTTCTTTTCCC(2)2AGCTCCTCCTGAATTTGCTA(3)GCAAGACCCCATCTCTAAAA(4)3TATAGGCTTCTCCCAAGGTG(5)GGCCTGTGATCATGTGTCTA(6)4CCTGCTGAAATCCATTCTGT(7)ACTTTTAGGTCATTGCTCCG(8)5ACCTGCTGCTTTTATGGAAC(9)GACAAAAATTTCATGAGGGG(10)6CCTCTAGCCTGCCACATATT(11)TTGAGGTATGCAACCAGCTA(12)7AAGACAGGACTGAGCACACA(13)AGCTGAGAGTGAAAACTGGG(14)8CATTTGGGGGTAGAAATGAG(15)GTGTCAGGTCCACAGACAGA(16)9TTAGAGCATGTTACAGGCCA(17)CCTCTCATCTACTGGCACCT(18)10GAGTCCCAGGTGTAGGGTAA(19)TCAGGAAGGTCTTGCTATCC(20)11ATCATGTGTGAACCAATCCA(21)CAAATACAGTACCGGGAACC(22)12CATGGGCTTCAGGACTAGAT(23)CATCTGTTCTCCCCATCTTC(24)13AAGGAAATGCAGAAGACTGG(25)GGAGAAGGGGAAACTGAGAT(26)14AAACACACACACAACCTTCCT(27)TTTGACACTGCGTTTCCTTA(28)15GTTCATTAACCTCCCCACTG(29)CCCAGTAGCAGCTTTCATTT(30)16AAGGGAGCTTTAGAAAAGGC(31)AACATGGCCAAGGATACACT(32)17AGTGTATCCTTGGCCATGTT(33)TTCTGTACCAGACGCTATGC(34)18GGTTTGCATTAAGGACCATC(35)AAATCACTGGGAAGACCAAA(36)19CTCTGGCCTTAGTTTCCTCA(37)TTTATCCATCTGCCTGTTGA(38)20CATCAACAGGCAGATGGATA(39)GCAACCACTCTTCTGCTTTT(40)

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