[发明专利]一种BWT实现方法中对后缀进行排序的方法及系统

权利要求书

1.一种BWT实现方法中对后缀进行排序的方法，其特征在于，包括：

步骤1，从BWT的待变换序列中取出需要排序的后缀；

步骤2，判断以所述后缀的开头元素的,作为断首元素的段在后缀链表中是否出现过，所述后缀的开头元素的ASC Ⅱ值为i，如果寄存器appear[i]=1，则出现过，执行步骤3；如果寄存器appear[i]＝1，则未出现过，执行步骤4，其中appear[i]代表以ASC Ⅱ表中数字i代表的元素为段首元素的段是否已经出现过的标识；

步骤3，在段内进行双向搜索，获得所述后缀在所述后缀链表中的位置，然后执行步骤5；

步骤4，在所述后缀表中进行双向搜索，搜索到离所述后缀最近的在所述后缀链表中存在的段，根据所述段获得所述后缀在所述后缀链表中的位置，其中所述段是以相同元素开头的后缀按从小到大顺序组成的序列，然后执行步骤5；

步骤5，将所述后缀插入后缀链表：将所述后缀的段的高地址上所有后缀右移一位，将所述高地址所在的位置空出，然后在所述高地址后缀所在的位置上插入所述后缀，然后执行步骤6；

步骤6，更新所述后缀链表以及段的信息，其中所述后缀链表由后缀段组成，并按照段首元素从小到大顺序排列的，所述段首元素是每个段里面后缀的开头元素。

2.如权利要求1所述的对后缀进行排序的方法，其特征在于，所述步骤3包括：

步骤31，找到段头、段尾位置对应的两个后缀；

步骤32，分别将段头和段尾对应的后缀记为S_m、S_n，并与所述后缀S_i进行大小比较，如果S_i<S_n或者S_i>S_m，则执行步骤34；如果S_n<S_i<S_m，则执行步骤33；

步骤33，找到S_m、S_n指向段内方向的相邻的两个后缀，将S_m、S_n替换为这两个后缀，再与S_i进行大小比较，如果S_i<S_n或者S_i>S_m，则执行步骤34；如果S_n<S_i<S_m，则执行步骤32；

步骤34，结束双向搜索，记录S_i位置，如果S_i<S_n，则S_i的位置在S_n邻近的低地址，S_i>S_m，则S_i的位置在S_m邻近的高地址，其中所述段头段尾分别是段里面的最小后缀和最大后缀。

3.如权利要求1所述的对后缀进行排序的方法，其特征在于，所述步骤4包括：

步骤41，令控制参数k自增1，第一次执行步骤41的时候初始化k为0，然后查看appear[i+k]和apprear[i-k]，如果appear[i+k]=1或者appear[i-k]=1，结束双向查找，然后执行步骤42；如果appear[i+k]=0并且appear[i-k]=0，则重复步骤41，其中appear[i+k]和apprear[i-k]分别代表以ASCⅡ表中数字i+k和i-k代表的元素为段首元素的段是否已经出现过的标识；

步骤42，如果appear[i+k]=1，则S_i的位置在以元素i+k为段首元素的段的段尾邻近的低地址；如果appear[i-k]＝1，则S_i的位置在以元素i-k为段首元素的段的段头邻近的高地址。