[发明专利]检测控制水稻耐盐等位基因的特异性PCR分子标记

说明书

技术领域

本发明涉及水稻育种中的检测技术领域，特别是检测耐盐籼稻品种Nona Bokra控制水稻耐盐等位基因SKC1和DST的特异性PCR分子标记。

背景技术

土壤的盐渍化是限制农作物生长，造成作物减产最严重的非生物胁迫之一。水稻在盐渍地种植一般都会减产，严重时甚至不能完成生活史。通过遗传改良提高水稻的抗逆性是解决这一农业问题的最有效途径之一。

水稻耐盐性属于数量性状遗传，受多基因的控制。目前已有2个耐盐基因获得克隆，分别为SKC1和DST，其中SKC1耐盐等位基因来自耐盐籼稻品种Nona Bokra，DST耐盐等位基因来自中花11的EMS突变体dst，用于基因定位的另一个亲本越光和中花11则属于盐敏感粳稻品种。在已发表的定位研究中，虽然有发展的分子标记位于SKC1基因内部或临界，但这些标记属于扩增片段酶切长度多态性（CAPS）标记，需要在PCR之后再进行限制性内切酶酶切，整个过程较繁琐，另外的SSR标记则离基因有一定的距离。为了更方便、可靠地检测耐盐等位基因，以适用于水稻分子辅助育种，有必要发展操作更为简便、快速的特异分子标记。

本发明针对SKC1和DST基因，根据已公布的粳稻日本晴和籼稻9311全基因组测序结果，在基因及其5'上游和3'下游区域设计插入/缺失（InDel）标记，从中挑选出扩增效果好、且可特异性鉴定Nona Bokra等位基因的标记。本发明提供的分子标记对Nona Bokra控制水稻耐盐等位基因SKC1和DST的检测具有普遍应用价值，可以广泛地应用于Nona Bokra控制水稻耐盐等位基因SKC1和DST的转育研究中。

发明内容

本发明解决的技术问题是设计和开发4个检测耐盐籼稻品种Nona Bokra控制水稻耐盐等位基因SKC1和DST的特异性分子标记。申请人将这4个分子标记分别命名为Fir11466、Th32637、Th32638和Th32639，所述片段如序列表SEQ ID NO:1-8所示。

具体地，本发明设计开发的4个分子标记的核苷酸序列如下：

Fir11466的的上游引物序列为5'- GCTTCCCAATAATTTCGACCT-3'，它的核苷酸序列如序列表SEQ ID No:1所示。

Fir11466的下游引物序列为5'- CCCACCAATACTAAAGATCCTG-3'，它的核苷酸序列如序列表SEQ ID No:2所示。

Th32637的上游引物序列为5'- TCGTATAGTAGGCTTTCATGGC-3'，它的核苷酸序列如序列表SEQ ID No:3所示。

Th32637的下游引物序列为5'- TTTCACAGGTGCGAGAGCTT-3'，它的核苷酸序列如序列表SEQ ID No:4所示。

Th32638的的上游引物序列为5'- AGAGAAGCCAAGAAATCGAC-3'，它的核苷酸序列如序列表SEQ ID No:5所示。

Th32638的下游引物序列为5'- TCCAAGCTCCACCTACTCC-3'，它的核苷酸序列如序列表SEQ ID No:6所示。

Th32639的的上游引物序列为5'- CTATTTGGCTTCGCAAGGACA-3'，它的核苷酸序列如序列表SEQ ID No:7所示。

Th32639的下游引物序列为5'- CGCCCACTTTAATCATATTCCCT-3'，它的核苷酸序列如序列表SEQ ID No:8所示。

本发明采用以下技术方案：根据已公布的粳稻品种日本晴和籼稻品种9311基因组序列，对SKC1和DST基因及其5'上游和3'下游区域进行序列比对，挑选具有InDel差异的基因组区域，应用Oligo 7.0软件，设计出21个InDel标记。将这21个InDel标记应用于日本晴和9311进行多态性验证，并进一步应用耐盐籼稻品种Nona Bokra和盐敏感粳稻品种越光、中花11以及盐敏感籼稻品种IR64、特青，筛选出4个扩增效果好、特异性高，且在水稻耐盐品种Nona Bokra中检测到特异片段的标记。这4个标记可用于鉴定待测材料是否在SKC1和DST座位上携带水稻耐盐品种Nona Bokra控制水稻耐盐等位基因，进而鉴定待测材料是否具有耐盐能力。

附图说明