[发明专利]一种幽门螺杆菌感染个体化治疗检测基因芯片及应用

权利要求书

1.一种幽门螺杆菌感染个体化治疗检测基因芯片，其特征在于芯片包括(1)幽门螺杆菌23s基因上的克拉霉素耐药突变位点A2142G和A2143G对应的野生型和突变型SNP分型寡核苷酸探针；(2)幽门螺杆菌gyrA基因上的喹诺酮耐药突变位点Asn87(N87K)和Asp91(D91G/Y/N)对应的野生型和突变型SNP分型寡核苷酸探针；(3)人细胞色素酶CYP450上质子泵抑制剂代谢相关的2C19*2(G6981A)和2C19*3(G636A)对应的野生型和突变型SNP分型寡核苷酸探针；(4)芯片质量控制寡核苷酸探针；(5)寡核苷酸探针固化在载体材料上形成的探针阵列。

所谓的幽门螺杆菌感染个体化治疗检测基因芯片是指同时检测人CYP450代谢相关基因2C192、2C193的基因类型以及幽门螺杆菌对克拉霉素和喹诺酮类药物的耐药基因型的寡核苷酸阵列；

所谓的寡核苷酸探针是指能与目的基因杂交的多聚寡核苷酸，长度十到五十个碱基；

所谓的质量控制探针至少包括两种探针，即阳性对照，阴性对照：阳性对照用于检测是否正常杂交和准确定位，阴性对照用于检测杂交信号错误或污染；

所谓的载体材料包括玻片、金属片、硅片、硝酸纤维素膜；

SNP分型对应的15条基因探针如下表所示：

表1.特异性探针序列

2.如权利要求1所述的幽门螺杆菌感染个体化治疗检测基因芯片的制备方法，其特征在于包括以下步骤：

1)设计SNP分型探针：以幽门螺杆菌23s基因和gyrA基因以及人细胞色素酶CYP450基因为靶，从中选取权利要求1所述的探针序列；

2)合成探针：使用DNA合成仪合成；

3)探针处理：在3’或5’末端加上polyT尾巴，并进行氨基修饰，使它能够固化在基质上；

4)基因芯片的制备：使用点样仪在基质上按预先设定好的顺序进行点样；

5)将点好的芯片在室温放置干燥18小时以上，使探针牢固固定在基质上。

3.如权利要求1所述的幽门螺杆菌感染个体化治疗检测基因芯片的使用方法，其特征在于包括如下步骤：

1)核酸提取：将胃粘膜标本按提供的试剂盒提取以获得细菌DNA和人基因组DNA备用；

2)PCR扩增标记样品：PCR扩增：在PCR反应管仲加入PCR待反应物、处理好的标本和标记引物，按如下程序进行PCR扩增：

在95℃，变性15分钟；然后95℃，30秒；65℃，1min；这样运行44个循环；最后在72℃，延伸5分钟；

3)杂交和洗涤：将PCR产物与杂交液混合，加到所述的芯片上在45℃水浴锅中杂交1小时后洗涤；然后加入Streptavidin-Nanogold37℃反应30min后洗涤，置室温晾干。

4)显色：将银染试剂A液和B液等体积混合，加到芯片上，待芯片上出现肉眼可见的灰色或黑色圆点后停止显色，用去离子水清洗，晾干。

4.根据权利要求1所述的一种幽门螺杆菌感染个体化治疗检测基因芯片在幽门螺杆菌病原的鉴定、克拉霉素及喹诺酮耐药分析和指导质子泵抑制剂个体化用药中的应用。