[发明专利]用于碱基序列分析的参考序列处理系统及方法

权利要求书

1.一种参考序列处理系统，其特征在于，包括：

种子片段提取部，从参考序列提取种子片段；

判断部，判断由所述种子片段提取部提取的所述种子片段中是否存在不明确的碱基；

索引生成部，当所述种子片段中存在不明确的碱基时，将所述种子片段加入到索引中。

2.如权利要求1所述的参考序列处理系统，其特征在于，所述判断部根据所述种子片段中是否存在使用A、C、G或T以外的文字标记的碱基来判断所述种子片段中是否存在不明确的碱基。

3.如权利要求1所述的参考序列处理系统，其特征在于，所述判断部根据所述种子片段中是否存在用N标记的碱基来判断所述种子片段中是否存在不明确的碱基。

4.一种基因组分析系统，其特征在于包括如权利要求1至3中任意一项所述的参考序列处理系统。

5.一种参考序列处理装置，其特征在于，该装置包括一个以上的处理器、存储器、一个以上的程序，构成为所述一个以上程序存储于所述存储器且由所述一个以上的处理器执行，所述程序包括用于执行如下步骤的指令：从参考序列提取种子片段的步骤；判断所提取的所述种子片段中是否存在不明确的碱基的步骤；当所述种子片段中存在不明确的碱基时，将所述种子片段加入到索引中的步骤。

6.一种参考序列处理方法，其特征在于，包括步骤：

由参考序列处理系统从参考序列提取种子片段；

由所述参考序列处理系统判断所提取的所述种子片段中是否存在不明确的碱基；

当所述种子片段中存在不明确的碱基时，所述参考序列处理系统将所述种子片段加入到索引中。

7.如权利要求6所述的参考序列处理方法，其特征在于，在所述判断步骤中，根据所述种子片段中是否存在使用A、C、G或T以外的文字标记的碱基来判断所述种子片段中是否存在不明确的碱基。

8.如权利要求6所述的参考序列处理方法，其特征在于，在所述判断步骤中，根据所述种子片段中是否存在用N标记的碱基来判断所述种子片段中是否存在不明确的碱基。