[发明专利]核酸分析法

说明书

技术领域

本发明的实施方式涉及核酸分析法。

背景技术

在基因分析中，作为检出或定量具有特定序列的核酸的一般手法之一，有使用PCR扩增法的方法。在该方法中，将样本进行PCR扩增之后，对于扩增产物检出特定序列的有无或定量其存在量。

在PCR扩增法中，使用用于扩增要检出或定量的目的序列的引物组，以样本所含的核酸作为模板核酸进行扩增。所得的扩增产物通过热处理等分解或分离成单链之后，例如，与用于检出目的序列的核酸探针反应。以由此生成的杂交的有无或量作为指标而最终实现目的序列的检出和/或定量。

来自扩增产物的单链具有通过其序列而形成二级结构的倾向。另外，通过PCR扩增法获得的扩增产物包含彼此互补的双链。因此，为了供于检出和/或定量而被单链化，但单链化后的样品中存在包含彼此互补的序列的二种单链。因此，检出和/或定量中或检出和/或定量以前，有在样品中相遇的互补链彼此之间自发地形成双链的倾向。关于单链的这些倾向，可能在进行检出和/或定量上形成障碍。

发明内容

发明所要解决的课题

本发明所要解决的课题是提供能够正确、简便且短时间地进行的核酸分析法。

用于解决课题的方法

实施方式涉及对于样本的核酸分析法。核酸分析法包括：将样本用第1引物和第2引物进行扩增反应，使扩增反应产物与核酸探针反应，测定杂交的有无和/或量，确定样本中的目标核酸的有无和/或存在量。由第1引物和/或第2引物产生的扩增产物形成茎环结构体。通过检出与环结构的序列互补的核酸探针和扩增产物的杂交的有无和/或存在量，来对于样本进行核酸分析。

附图说明

图1是显示实施方式中的扩增工序的1例的模式图。

图2是显示实施方式中的扩增工序的1例的模式图。

图3是显示实施方式中的扩增工序的1例的模式图。

图4是显示实施方式中的扩增工序的1例的模式图。

图5是显示实施方式中的扩增工序的1例的模式图。

图6是显示实施方式中的扩增工序的1例的模式图。

图7是显示实施例1的引物和探针的设计位置的图。

图8是显示实施例1的电泳结果的图。

图9是显示实施例1的检出结果的图。

图10是显示实施例2的检出结果的图。

图11是显示实施例2的检出结果的图。

图12是显示实施例3的检出结果的图。

图13是显示实施方式中的DNA芯片的1例的图。

图14是显示实施方式中的DNA芯片的1例的图。

具体实施方式

以下，对于本发明的实施方式进行详细说明。

[定义]

“扩增”或“扩增反应”是指使用引物组反复复制模板核酸，包含延伸工序和扩增工序等工序。扩增基本上可以是能够使用包含2种引物、例如正向引物和反向引物的引物组复制模板核酸的、其本身公知的任何方法。例如，优选PCR扩增方法、LCR扩增方法、RCA扩增方法、TMA扩增方法、NASBA扩增方法、SDA扩增方法和ICAN扩增方法。另外，根据需要，可以与该扩增反应同时组合进行使用逆转录酶的逆转录反应。同时进行扩增反应和逆转录反应的技术可以利用其本身公知的任何技术。

“核酸”是概括地表示DNA、RNA、PNA、LNA、S-寡核苷酸、膦酸甲酯寡核苷酸等可以将其一部分结构用碱基序列表示的物质的术语。例如，核酸可以是来源于天然的DNA和RNA等、一部分或完全人工合成和/或设计的人工核酸等、以及它们的混合物等。

“样本”是指应按照本实施方式进行分析方法的对象，只要是可能包含核酸的样品就可以。样本优选是不妨碍扩增反应和/或杂交反应的状态。例如，为了将从生物体等获得的材料作为按照本实施方式的样本使用，可以通过其本身公知的任何手段进行前处理。例如，样本可以是液体。

将样本所含的核酸称为“受检核酸”。将样本核酸中包含要与引物退火而进行复制的多核苷酸的核酸称为“模板”。将模板中由引物组所含的2种引物所规定的部分称为“模板核酸”。进而对于“模板核酸”，将除了引物的结合区域(也称为“退火区域”)以外的区域在这里称为“模板序列”。

“目标序列”是要使用核酸探针进行检出或定量的序列。