[发明专利]利用小RNA测序消减和组装检测微生物感染

权利要求书

1.一种用于检测受试对象被微生物感染的方法，所述方法包括：

i）从所述受试对象的生物样品中分离小RNA分子的部分；

ii）针对包含所述受试对象核酸基因组序列的数据库比对源自所述小RNA分子的核酸序列；

iii）消减并组装未映射的序列以产生重叠群；和

iv）基于针对包含核酸序列的数据库比对所述重叠群来鉴定所述微生物。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述小RNA分子具有约10-100个核苷酸的长度。

3.根据权利要求1所述的方法，其中所述小RNA分子是编码RNA分子或其片段。

4.根据权利要求1所述的方法，其中所述小RNA分子是非编码RNA分子。

5.根据权利要求1所述的方法，其中所述小RNA分子包括piRNA、siRNA、miRNA、shRNA、snRNA、snoRNA、较大RNA分子的RNA片段、或其任意组合。

6.根据权利要求1所述的方法，其中所述重叠群具有约10-500个核苷酸的长度。

7.根据权利要求1所述的方法，其中包含所述受试对象核酸基因组序列的所述数据库包括所述受试对象核酸基因组的部分序列。

8.根据权利要求1所述的方法，其中所述数据库包括：GenBank CDS(编码序列数据库)、PDB(蛋白数据库)、SwissProt数据库、PIR(蛋白信息资源)数据库、PRF(蛋白序列)数据库、RNA家族(Rfam)数据库、欧洲分子生物学实验室(EMBL)核苷酸序列数据库、或其组合。

9.根据权利要求1所述的方法，其中所述微生物选自细菌、病毒、真菌、寄生物、或其组合。

10.根据权利要求9所述的方法，其中所述细菌选自革兰氏阴性细菌、革兰氏阳性细菌、或两者。

11.根据权利要求9所述的方法，其中所述病毒选自dsDNA病毒、ssDNA病毒、dsRNA病毒、(+)ssRNA病毒(+)义RNA、(-)ssRNA病毒(-)义RNA、在生命周期中具有DNA中间体的ssRNA-RT病毒(+)义RNA、sDNA-RT病毒、或其组合。

12.根据权利要求9所述的方法，其中所述真菌选自酵母、霉菌、或两者。

13.根据权利要求9所述的方法，其中所述寄生物选自原生动物、寄生虫、或两者。

14.根据权利要求1所述的方法，其中所述受试对象是人、动物、或植物。

15.根据权利要求1所述的方法，其中所述生物样品包括细胞、组织、体液、或其组合。

16.根据权利要求1所述的方法，其中所述步骤中的至少一个步骤是使用计算系统执行的。

17.根据权利要求1所述的方法，还包括计算指示微生物已感染所述受试对象的置信水平的置信分数的步骤。

18.根据权利要求17所述的方法，其中所述置信分数还指示所述微生物感染的严重程度。

19.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法是定量的。

20.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法是定性的。

21.一种用于检测受试对象被微生物感染的系统，所述系统包括：

测序装置，所述测序装置被配置以确定源自从受试对象的生物样品获得的小RNA分子的核酸序列；和

计算单元，所述计算单元被配置以：

a）针对包含所述受试对象核酸基因组序列的数据库比对所述核酸序列；

b）消减并组装未映射的序列以产生重叠群；和

c）基于针对包含核酸序列的数据库比对所述重叠群来鉴定微生物。

22.根据权利要求21所述的系统，其中所述小RNA分子具有约10-100个核苷酸的长度。

23.根据权利要求21所述的系统，其中所述小RNA分子包括piRNA、siRNA、miRNA、shRNA、snRNA、snoRNA、较大RNA分子的RNA片段、或其任意组合。