[发明专利]一种预测强直性脊柱炎易感性的方法和试剂

说明书

技术领域

本发明涉及一种预测强直性脊柱炎易感性的方法和试剂，更具体的说是通过测定与强直性脊柱炎相关基因AIF1的多态性预测受试者对于强直性脊柱炎的易感性，该方法可用于疾病的辅助诊断和新药开发，属于生物技术领域。

背景技术

强直性脊柱炎(Ankylosing spondylitis，AS)是一种自身免疫性疾病，多发于16-40岁的青壮年，男女患病比例约为4～10∶1。病变常首先发生于骶髂关节，少数重症患者表现为整个脊柱强直。此外，部分患者伴有不同程度的髋关节、眼、肺、心血管、肾等脊柱外病变。AS在白种人群中的发病率约为1％～3％，我国AS患病率约为0.2-0.6％，其中60％以上的患者伴有髋关节受累，致使20％以上AS患者残疾，炎症主要累及关节囊、肌腱和韧带的骨附着点，导致局部关节粘连强直，活动受限。临床上至今尚缺乏可明显缓解和控制疾病发展的药物。AS属多基因疾病，具有明显的遗传倾向，虽然通常认为遗传与免疫因素在AS发病中起主导作用，但确切的病因与发病机制仍不清楚。

目前进行AS遗传病因研究，多采用SNP作为基因组标志的关联分析方法，是有效的，已得到证明。SNP是指染色体基因组水平上单个核苷酸变异引起的DNA序列多态性，在人群中的频率需＞1％，SNPs是双等位基因标记，这种单碱基变化中有70.1％为同型碱基之间的转换：如G/A或T/C，29.1％为发生在嘌呤和嘧啶之间的颠换。C(胞嘧啶)是人类基因组中最易发生变化的位点，因为大多数是甲基化胞嘧啶，能够自发脱氨基转换为T(胸腺嘧啶)，SNP包含了已知多态性的80-90％，是最常见的遗传变异。

由于生存的选择压力导致SNP在单一基因和整个基因组中的分布呈不均匀性。SNPs在基因非编码区的数量是编码区的4倍，总数可达3百万个。SNP以其密度高(平均每1kb就有1个)、代表性强(位于基因内部的SNP可能直接影响蛋白质结构或表达水平)、遗传稳定性好(同微卫星多态性比较而言)、易于自动化分析(因SNP在人群中多为双等位基因标记，可简单以“+/-或1/0”直接分型)等特点成为很好的遗传标志。

1973年，Brewerton等首先发现了与AS强相关的人类白细胞抗原-B27(HLA-B27)。随着研究的进展，与AS相关的其他易感基因如肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白介素-1(IL-1)陆续被识别。

AIF1(同种异体移植炎症因子-1，Allograft Inflammatory Factor 1)基因位于6q21.3，全长1692bp，含有4个外显子，其编码产物是一种激素样细胞因子，分子量为17kDa，含146个氨基酸残基，N端被乙酰化，主要由激活的巨噬细胞和T淋巴细胞表达、分泌，基因定位于人类白细胞抗原III区域，与器官移植排斥反应、自身性免疫疾病及肿瘤的发生发展等密切相关。

目前尚无任何关于AIF1基因与自身免疫性疾病之间相关联的报道，亦未见AIF1基因与AS相关联的研究结果。

发明内容

本发明的主要目的是提供一种检测强直性脊柱炎易感性基因的方法。

本发明的第二个目的是提供一种检测强直性脊柱炎易感性基因的试剂，包括PCR引物和含有该引物的试剂盒。

为实现上述目的，本发明采用以下技术方案：

一种检测强直性脊柱炎易感性的核苷酸序列，为序列表SEQ ID No.1所示核苷酸序列。

所述核苷酸序列为AIF1基因第2内含子区包含+879位单核苷酸多态性位点的核苷酸片段。+879位为变异位点，以字母“Y”标示出。该核酸序列为AIF1基因全长序列。图1为AIF1基因结构及其多态性变异位点的示意图，附图中包含有4个外显子，+879位点标在AIF1基因图中第2内含子区的相应位置。

所述+879位单核苷酸多态性位点的基因型为CC时，强直性脊柱炎易感性最低；含T等位基因时，即基因型为CT或TT时，强直性脊柱炎易感性较高。

一组检测强直性脊柱炎易感性的引物，能扩增得到AIF1基因第2内含子区包含+879位单核苷酸多态性位点的核苷酸片段。

所述引物的核苷酸序列分别为序列表SEQ ID No.2和序列表SEQ ID No.3所示。

一种强直性脊柱炎易感性基因的检测方法，包括如下步骤：

(1)抽提样品的基因组DNA，扩增AIF1基因第2内含子区包含+879位单核苷酸多态性位点的核苷酸片段；