[发明专利]胃癌的生物标志物DACT1

说明书

本发明提供了通过检测DACT1基因的抑制表达来诊断个体的胃癌和确定个体的胃癌预后的方法，在某些情况下，所述DACT1基因的抑制表达是由于该基因的基因组序列中的甲基化水平提高。还提供了用于所述方法的试剂盒和装置。此外，本发明提供了通过提高DACT1基因表达或活性来治疗胃癌的方法。

发明背景

胃癌(gastric cancer)，也称为胃癌(stomach cancer)，是世界范围内第四常见的癌症，每年诊断出约1,000,000个病例。胃癌是一种具有高死亡率的疾病(每年约有800,000人死亡)，这使得它成为仅次于肺癌的世界范围内癌症死亡的第二常见的原因。在男性中和在发展中国家(包括很多亚洲国家)中胃癌的发病率明显更高。

在胃癌早期，通常没有临床症状或仅表现出不明确的症状，因而很多病例在疾病到达晚期之前无法作出诊断。这通常导致较差的预后：在诊断为胃癌的个体的80-90%中发生转移，早期诊断出的个体中的65%具有6个月的存活率，而晚期诊断出的个体中仅有少于15%具有6个月的存活率。

由于胃癌的普遍性及其对患者预期寿命的严重影响，因此需要诊断、监测和治疗胃癌的新方法。本发明满足该需求和其它相关的需求。

发明概述

第一方面，本发明提供了检测个体胃癌的方法。所述方法包括以下步骤：(a)测量取自所述个体的样品中DACT1的表达水平；以及(b)将在步骤(a)中所获得的表达水平与标准对照进行比较。与标准对照比较时，检测到DACT1表达水平的下降指示个体可能患有胃癌。通常，本方法中所用的样品是胃粘膜样品，例如包括胃上皮细胞的胃粘膜样品。

在一些实施方案中，DACT1的表达水平是DACT1蛋白水平。在其它实施方案中，DACT1的表达水平是DACT1 mRNA水平。当测量DACT1蛋白水平时，步骤(a)可以包括利用能特异性结合DACT1蛋白的抗体进行免疫测定。例如可以使用Western印迹分析。在其它情况下，步骤(a)可以包括质谱测量或基于杂交的测定，例如与微阵列、荧光探针或分子信标的杂交。

当测量DACT1 mRNA水平时，某些情况下，步骤(a)可以包括扩增反应，如聚合酶链式反应(PCR)，尤其是逆转录酶-PCR(RT-PCR)。在其它情况下，检测步骤可以包括多核苷酸杂交测定，例如Southern印迹分析或Northern印迹分析或原位杂交测定。例如，在多核苷酸杂交测定中可以使用多核苷酸探针，使其与SEQ ID NO:1、4或6或以上的互补物杂交。在一些情况下，多核苷酸探针可以包括可检测的部分。

在一些实施方案中，当进行完第一轮上述方法步骤之后指示所述患者患有胃癌时，所述方法还可以包括在一段时间之后利用来自所述个体的相同类型的样品重复步骤(a)。与最初的步骤(a)的DACT1的表达水平的量相比，在所述一段时间之后DACT1表达水平的增加，指示胃癌的改善，而降低则指示胃癌的恶化。

在第二方面，本发明提供了检测个体胃癌的方法。所述方法包括以下步骤：(a)用能差异修饰甲基化DNA和非甲基化DNA的试剂处理取自所述个体的样品；以及(b)确定含CpG的基因组序列中的每一个CpG是甲基化的还是非甲基化的，所述含CpG的基因组序列是SEQID NO:1或6的至少一个区段并且包含至少一个CpG。当在含CpG的基因组序列中检测到存在一个甲基化的CpG时，这指示所述个体可能患有胃癌。

在一些实施方案中，含CpG的基因组序列含有两个或更多个CpG，并且当所有CpG中的至少50%为甲基化的时，指示个体患有胃癌。在一些情况下，含CpG的基因组序列是SEQ IDNO:1或6的至少15、20、50或更多个连续核苷酸的区段。在其它情况下，含CpG的基因组序列是SEQID NO:1或6。在请求保护的方法的一个实施方案中，含CpG的基因组序列是SEQ IDNO:6，并且当含CpG的基因组序列中所有CpG的至少5个为甲基化的时，指示个体很可能患有胃癌。