[发明专利]TNF基因突变检测特异性引物和液相芯片

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种TNF基因突变检测特异性引物和液相芯片。

背景技术

肿瘤坏死因子（tumor necrosis factor，TNF）位于6号染色体6p21.3短臂上，是肿瘤坏死因子超家族成员之一。肿瘤坏死因子是以巨噬细胞为主产生的一种细胞因子，它的最明显的活性特征是可以在体内或体外特异性地杀伤肿瘤细胞，对正常组织细胞则无明显毒性作用。淋巴细胞产生的淋巴毒素(Lymphotoxin，LT)在DNA及氨基酸序列上与肿瘤坏死因子同源性较高，尤其是功能上非常相似，因此又将巨噬细胞产生的肿瘤坏死因子命名为肿瘤坏死因子α(TNF-α)，将淋巴细胞产生的淋巴毒素命名为肿瘤坏死因子β(TNFβ)。TNF作为一种细胞因子，不仅具有对瘤细胞的细胞毒杀伤作用，同时也参与抗病毒、抗感染、凝血、发热、休克、多器官功能衰竭、恶液质等多种病理生理过程，TNF还可激活巨噬细胞及多形核粒细胞、增强其吞噬功能，促进组织相容性抗原的表达、促分化诱导以及调节机体的免疫应答等多种重要的生物功能，是一种具有潜在前途的抗肿瘤、抗病毒感染以及免疫调节生物制剂。另外TNF与多种疾病的发生存在相关性，例如，TNF与胃癌、慢性支气管炎、全结肠炎、克罗恩病、强迫性精神障碍、糖尿病和消化道癌等疾病有关。

目前，TNF基因突变检测方法主要有：PCR-RFLP技术、荧光定量PCR技术和SNaPshot技术。PCR-RFLP法是基于基因突变造成的限制性内切酶识别位点的改变，如位点丢失或产生新位点，通过PCR扩增某一特定片段，再用限制性内切酶酶切扩增产物，电泳观察片段的大小，这种方法用于检测酶切位点改变的基因突变，可直接判断基因型，但该法不能用于没有产生新酶切位点的基因突变检测。。荧光定量PCR技术存在灵敏度低，样品易污染、假阳性率高的缺点。SNaPShot技术检测效率高,但存在仪器昂贵、样品分析均价高、对样品要求高、重复性差等缺点，而且众多疾病与易感基因关系的研究仍需常规实验室中小规模研究。

发明内容

本发明的目的之一是提供TNF基因突变检测液相芯片，该液相芯片可用于单独或并行检测TNF基因七种常见基因型G8226A、G-308A、A1031G、G863T、G857A、G8146C和C5478T的野生型和突变型。

一种TNF基因突变检测液相芯片，包括有：

（A）.针对TNF基因不同突变位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物对：每条ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列为：针对G8226A位点的SEQ ID NO.15及SEQ ID NO.16，针对G-308A位点的SEQ ID NO.17及SEQ ID NO.18，针对A1031G位点的SEQ ID NO.19及SEQ ID NO.20，针对G863T位点的SEQ IDNO.21及SEQ ID NO.22，针对G857A位点的SEQ ID NO.23及SEQ ID NO.24，针对G8146C位点的SEQ ID NO.25及SEQ ID NO.26，和/或针对C5478T位点的SEQ ID NO.27及SEQ ID NO.28；所述tag序列选自SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.14；

（B）.有不同anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO.29～SEQ ID NO.42，且所述anti-tag序列能相应地与（A）中所选的tag序列互补配对；

（C）.用于扩增出需要检测的、具有相应突变位点的目标序列的引物。

在其中一个实施例中，所述扩增引物为：针对G8226A、G-308A位点的SEQ ID NO.43及SEQ ID NO.44，针对A1031G、G863T、G857A位点的SEQ ID NO.45及SEQ ID NO.46，针对G8146C位点的SEQ ID NO.47及SEQ ID NO.48，和/或针对C5478T位点的SEQ ID NO.49及SEQ IDNO.50。