[发明专利]CDKN1A基因突变检测特异性引物和液相芯片

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种CDKN1A基因突变检测特异性引物和液相芯片。

背景技术

周期蛋白依赖激酶抑制因子1A(cyclindependent kinase inhibitor 1A，CDKN1A)，又称p21，Cip1，位于6号染色体6p21.2上，CDKN1A基因所编码的蛋白控制着细胞内大部分肿瘤抑制子的通路。同时，该蛋白阻碍了癌症细胞新DNA链的合成，这些DNA新链是癌症细胞生长及分裂所必需的。p21基因是Clp家族中的一员，它是位于p53基因下游的细胞周期素依赖性激酶抑制因子，可以和p53共同构成细胞周期G1检查站，因DNA损伤后不经过修复则无法通过，减少了受损DNA的复制和积累，从而发挥抑癌作用。研究表明：p21与肿瘤的分化、浸润深度、增生和转移有关，具有判断预后的价值。p21既与肿瘤抑制作用密切相关，又能通过抑制周期素依赖激酶(Cyclin-dependent kinases CDKs)复合物活性，协调细胞周期、DNA复制与修复之间的关系，从而将肿瘤抑制作用与细胞周期控制过程紧密相连。p21基因的发现、克隆及其在细胞周期控制与肿瘤发生中有重要作用。研究发现，P21基因的多态性与慢性苯中毒、头颈部鳞状细胞癌、先天肺纤维化、消化道癌和系统性红斑狼疮等疾病呈现相关性。

目前，CDKN1A基因突变检测方法主要有：Illumina光纤微珠芯片技术、PCR-RFLP技术、荧光定量PCR技术和基质辅助激光解析电离时间飞行质谱技术(MALDI-TOF-MS)，虽然Illumina光纤微珠芯片技术是高灵敏度和精确性的高通量检测系统，但是自动化程度低，手工操作比较多，难以满足实际应用的需要，PCR-RFLP法是基于基因突变造成的限制性内切酶识别位点的改变，如位点丢失或产生新位点，通过PCR扩增某一特定片段，再用限制性内切酶酶切扩增产物，电泳观察片段的大小，这种方法用于检测酶切位点改变的基因突变，可直接判断基因型，但该法不能用于没有产生新酶切位点的基因突变检测。荧光定量PCR技术存在灵敏度低，样品易污染、假阳性率高的缺点，基质辅助激光解析电离时间飞行质谱技术一种软电离技术，在蛋白质等生物大分子的检测中有着强大而成熟的功能，但是在核酸检测领域，由于核酸分子本身的特殊性，检测受到一定的限制。

发明内容

本发明的目的之一是提供CDKN1A基因突变检测液相芯片，该液相芯片可用于单独或并行检测CDKN1A基因七种常见基因型A7358T、C98A、G70A、C258T、T3745C、G2763A和C4008T的野生型和突变型。

实现上述目的的技术方案如下。

一种CDKN1A基因突变检测液相芯片，包括有：

(A).针对CDKN1A基因不同突变位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物对：每条ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列为：针对A7358T位点的SEQ ID NO.15及SEQ ID NO.16，针对C98A位点的SEQ ID NO.17及SEQ ID NO.18，针对G70A位点的SEQ ID NO.19及SEQ ID NO.20，针对C258T位点的SEQ ID NO.21及SEQ ID NO.22，针对T3745C位点的SEQ ID NO.23及SEQ ID NO.24，针对G2763A位点的SEQ ID NO.25及SEQ ID NO.26，和/或针对C4008T位点的SEQ ID NO.27及SEQ ID NO.28；所述tag序列选自SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.14；

(B).有不同anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO.29～SEQ ID NO.42，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对；

(C).用于扩增出需要检测的、具有相应突变位点的目标序列的引物。