[发明专利]BRCA1基因突变检测特异性引物和液相芯片

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种BRCA1基因突变检测特异性引物和液相芯片。

背景技术

BRCA1基因称为乳腺癌1(breast cancer1，early onset，BRCA1)，定位于17号染色体17q21长臂上，约100个kb，内含高达41.5％的Alu重复序列和4.8％的其它重复序列。含有24个外显子，其中22个转录出716kb mRNA，最终可编码含1863个氨基酸的蛋白质。第11个外显子较大，长314kb，占整个编码区的61％。BRCA1编码蛋白的N末端序列含有一环状结构域(ring domain)，能够与BRCA1相关环状蛋白(BRCA12associated ring domainprotein，BARD1)组成环2环异二聚体，一般认为BRCA1的N末端在调节RNA合成酶功能方面起着重要作用。BRCA1基因是肿瘤抑制基因家族中的一员。与其它肿瘤抑制基因一样，BRCA1能防止细胞过快或者失去控制地生长和分化。通过对受损的蛋白质进行修复，BRCA1蛋白质在保持DNA处于良好工作状态中发挥了重要的作用。野生型BRCA1编码蛋白在细胞周期调控、DNA损伤修复以及诱导肿瘤细胞凋亡方面发挥着重要作用。但是当BRCA1发生突变时，上述功能不但都会丧失，同时突变的BRCA1还可能通过阻断野生型BRCA1的正常生理功能而大大增加患肿瘤的可能性。研究表明，BRCA1作为抑癌基因，其突变与高乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌的发病率有关。

目前，BRCA1基因突变检测方法主要有：荧光定量PCR技术，PCR-RFLP技术，直接测序法，荧光定量PCR技术具有灵敏度高、特异性强、自动化程度高的特点，但也存在样品易污染、假阳性率高的缺点，且每次只能检测一种突变类型。PCR-RFLP法是基于基因突变造成的限制性内切酶识别位点的改变，如位点丢失或产生新位点，通过PCR扩增某一特定片段，再用限制性内切酶酶切扩增产物，电泳观察片段的大小，这种方法用于检测酶切位点改变的基因突变，可直接判断基因型，但该法不能用于没有产生新酶切位点的基因突变检测。而直接测序法两端靠近引物的序列容易测不准，测序方法成本高、操作复杂，对于那些突变比例低于15％～20％的标本，如果用测序的方法进行检测，很难发现突变，因此这些检测方法都难以满足实际应用的需要。

发明内容

本发明的目的之一是提供BRCA1基因突变检测液相芯片，该液相芯片可用于单独或并行检测BRCA1基因六种常见基因型A926G、C2077T、A1525G、G53675A、C36048T和C2612T的野生型和突变型。

实现上述目的的技术方案如下。

一种BRCA1基因突变检测液相芯片，包括有：

(A).针对BRCA1基因不同突变位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物对：每条ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列为：针对A926G位点的SEQ ID NO.13及SEQ ID NO.14，针对C2077T位点的SEQ IDNO.15及SEQ ID NO.16，针对A1525G位点的SEQ ID NO.17及SEQ ID NO.18，针对G53675A位点的SEQ ID NO.19及SEQ ID NO.20，针对C36048T位点的SEQ ID NO.21及SEQ ID NO.22，和/或针对C2612T位点的SEQ ID NO.23及SEQ ID NO.24；所述tag序列选自SEQ ID NO.1～SEQ IDNO.12；

(B).有不同anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO.25～SEQ ID NO.36，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对；

(C).用于扩增出需要检测的、具有相应突变位点的目标序列的引物。