[发明专利]一种构建鸡肌肉肌苷酸合成途径相关关键酶基因网络调控方法

权利要求书

1.一种构建鸡肌肉肌苷酸合成途径相关关键酶基因网络调控方法，

其特征是：首先是建立肌苷酸相关基因的数据集，计算各基因的权重模型，初步选择基因表达调控，其次是求相关系数并求解，构建网络图，最后是结合建立的整数非线性规划模型，并基于KEGG数据库构建肌苷酸相关基因的网络调控图。

2.根据权利要求1所述构建鸡肌肉肌苷酸合成途径相关关键酶基因网络调控方法，其特征在于具体步骤如下：

（1）建立肌苷酸相关基因的数据集：从24张肌肉组织芯片中获得8个肌苷酸关键酶基因在6个时间点的表达数据，构成一个8*6的基因表达矩阵；

（2）各基因的权重模型：将基因芯片数据标准化后，利用熵对各基因赋权，构成赋以权重的基因表达矩阵；

（3）基因表达调控的初步选择：将所有研究的基因作为一个系统，以所有基因被调控的误差平方和最小为目标，建立整数非线性规划模型，判断基因之间的调控指向；

zk取-1， 0， 1分别表示基因k对基因i起抑制作用、无调控关系和促进作用；

n个基因m 个时间点的基因表达构成一个n ×m 的矩阵A = （ xij ） n ×m ， xij为第i个基因在时刻j的表达水平；

（4）求相关系数：为了进一步确认基因之间的调控关系，用Pearson相关系数来再次判别，通过相关的显著性筛选起调控作用的基因，矩阵中任意第i个基因和第k个基因的表达向量s = （ xi1 ， xi2 ， ….， xim ） 、t = （ xk1 ， xk2 ， …，kkm ）的相关系数模型：

（5）求解，构建网络图：结合cotyscape软件，R语言，运用相关系数模型法建立肌苷酸关键酶相关基因的网络调控图；

（6）结合建立的整数非线性规划模型，并基于KEGG数据库构建肌苷酸相关基因的网络调控图。

3.根据权利要求2所述构建鸡肌肉肌苷酸合成途径相关关键酶基因网络调控方法，其特征在于步骤（5）求解，构建网络图的是:

1）、从原始的芯片数据中挑选有效基因数据；

2）、将有效数据上传至服务器运行计算；

3）、将生成的源文件通过计算机语言寻找基因间的线性相关,相关系数分别设0.75、0.80、0.85、0.90；

4）、构建genelist文件选择肌苷酸相关基因；

5）、导入Cytoscape生成调控网络图。