[发明专利]基于多核CPU和GPGPU硬件的高通量测序数据质量控制系统有效
申请号: | 201210478392.3 | 申请日: | 2012-11-22 |
公开(公告)号: | CN103838985A | 公开(公告)日: | 2014-06-04 |
发明(设计)人: | 周茜;宁康;苏晓泉;徐健 | 申请(专利权)人: | 中国科学院青岛生物能源与过程研究所 |
主分类号: | G06F19/20 | 分类号: | G06F19/20 |
代理公司: | 暂无信息 | 代理人: | 暂无信息 |
地址: | 266101 山*** | 国省代码: | 山东;37 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 基于 多核 cpu gpgpu 硬件 通量 序数 质量 控制系统 | ||
1.一种软硬件结合的计算机高通量测序数据质量控制系统,其特征是:系统包含计算机硬件和基于其上的软件系统,输入是在任何存储介质上保留的高通量测序数据文件,输出去除低质量序列和污染序列的定性及定量信息。
2.根据权利要求1所述的计算机高通量测序数据质量控制系统,其特征是:计算机硬件系统包括GPGPU硬件、多核CPU硬件、存储介质等,是一个完整的计算机硬件系统。
3.根据权利要求1所述的高通量测序数据质量控制系统,其特征是:计算机软件系统包括与多核CPU以及GPGPU硬件系统兼容的完整的高通量测序数据质量控制分析软件,是一个完整的计算机软件分析系统;该软件系统的运行界面为命令行形式,输出结果为网页形式的文档、图片以及文本形式,配电子版使用说明。
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G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学,即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真,例如:概率模型或动态模型,遗传基因管理网络,蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
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G06F19-16 ..用于分子结构的,例如:结构排序,结构或功能关系,蛋白质折叠,结构域拓扑,用结构数据的药靶,涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的,例如:基因型–表型关联,不均衡连接,种群遗传学,结合位置鉴定,变异发生,基因型或染色体组的注释,蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用