[发明专利]检测水稻品种密阳46高硅含量等位基因qHUS6的特异性PCR分子标记

说明书

技术领域

本发明属于水稻育种技术领域，特别涉及检测水稻品种密阳46高硅含量等位基因qHUS6的特异性PCR分子标记。

背景技术

水稻是典型的吸硅作物，硅在水稻生长发育过程中具有重要作用。高硅水稻品种在生长过程中可有效减轻各种生物和非生物协迫，改善对稻瘟病和纹枯病的抗性，提高抗倒伏能力与抗旱性。高硅水稻品种的培育一般通过应用高硅水稻材料、采用杂交选育获得，而硅在水稻中特别是颖壳中的含量须在水稻成熟收获后才能检测，无法通过传统的田间表型观察进行选择。

随着分子标记的快速发展，借助分子标记辅助选择，可以在任一阶段检测控制硅含量的基因，鉴定对硅积累增效的等位基因是否已导入受体品种，选育高硅水稻品种。

分子标记辅助选择育种的开展需具备三个条件：

（1）供体亲本携带效应明确、已精细定位或克隆的目标基因；

（2）已开发出与目标基因紧密连锁且检测简便的标记；

（3）连锁标记在供体和受体亲本之间呈多态。

前期研究表明，在水稻第6染色体上克隆了一个控制水稻硅含量的qHUS6基因，其增效等位基因来源于水稻品种密阳46。

本发明在此基础上对qHUS6基因及其紧密连锁区间进行测序，根据测序结果设计基因功能和序标位（STS）标记，并从中挑选出可特异性鉴定密阳46等位基因的标记。本发明提供的分子标记对密阳46中高硅含量等位基因qHUS6的检测具有普遍应用价值，可以广泛地应用于密阳46高硅含量等位基因qHUS6的转育研究中。

发明内容

本发明解决的技术问题是提供了16个检测水稻品种密阳46高硅含量等位基因qHUS6的特异性分子标记。

本发明采用以下技术方案：

根据前期qHUS6的克隆结果，对基因及其紧密连锁区间进行测序，将测序结果与已公布的粳稻品种Nipponbare和籼稻品种93-11的基因组序列进行比对，根据目标序列的插入和缺失情况，设计了53个与qHUS6紧密连锁的STS标记。将这53个STS标记用于检测定位群体亲本珍汕97B和密阳46，筛选出16个在水稻品种密阳46中检测到特异片段的标记。这16个标记可用于鉴定待测材料是否在qHUS6座位上携带水稻品种密阳46控制水稻硅含量的等位基因。

检测水稻品种密阳46高硅含量等位基因qHUS6的特异性PCR分子标记，包含16个特异性标记Si2925A、Si2925B、Si2926A、Si2926B、Si2927A、Si2927B、Si2927C1、Si2927C2、Si2927C3、Si2933A、Si2933B、Si2933C、Si2936、Si2939、Si2940、Si2946的引物各一对：

Si2925A的上游引物序列为5'-TTGGCTAGCTTAACCTTCC-3'，所述核苷酸序列为SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列；Si2925A的下游引物序列为5'-GGCCATGTCAAATTAATAACCTC-3'，所述核苷酸序列为SEQ ID NO:2所示的核苷酸序列；

Si2925B的上游引物序列为5'-CATCTGTGTCACTGTTTGGCT-3'，所述核苷酸序列为SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列；Si2925B的下游引物序列为5'-GGCCATGTCAAATTAATAACCTC-3'，所述核苷酸序列为SEQ ID NO:4所示的核苷酸序列；

Si2926A的上游引物序列为5'-TACGGATCATATCTTGGATGC-3'，所述核苷酸序列为SEQ ID NO:5所示的核苷酸序列；Si2926A的下游引物序列为5'-TAACATATCTGATCGGTGCCTA-3'，所述核苷酸序列为SEQ ID NO:6所示的核苷酸序列；

Si2926B的上游引物序列为5'-TACGGATCATATCTTGGATGC-3'，所述核苷酸序列为SEQ ID NO:7的所示核苷酸序列；Si2926B的下游引物序列为5'-ACCAGGAATATCGGTGACCA-3'，所述核苷酸序列为SEQ ID NO:8所示的核苷酸序列；

Si2927A的上游引物序列为5'-AGACCTGCCTAGCTGT-3'，所述核苷酸序列为SEQ ID NO:9的所示核苷酸序列；Si2927A的下游引物序列为5'-AAAATGTTTGGCTAGCTTATGAGA-3'，所述核苷酸序列为SEQ ID NO:10所示的核苷酸序列；