[发明专利]一种空间屎肠球菌LCT-EF258菌株

说明书

技术领域

本发明属于生物技术领域；更具体地，本发明涉及屎肠球菌及其生物学特性、全基因组学测序、转录组测序和差异蛋白组学分析。 

背景技术

随着人类航天活动日益增多和我国载人航天计划逐渐实施，航天员的健康是航天医学保障的一个关键问题，其中预防细菌感染是一个重要方面。有研究发现在模拟微重力条件下沙门氏菌对小鼠感染的毒力会增强，同时航天活动中机体的免疫力下降，从而导致更易感染。目前，在空间站中已检出包括肠球菌在内的多种细菌，因此针对空间细菌变异的研究是太空微生物研究的一个重要课题。目前，有关空间诱变微生物的资源非常缺乏，严重阻碍了该领域的发展。 

屎肠球菌早期被认为属于D群链球菌属，随着分子生物学各项技术的发展，通过基因DNA的同源性检测，发现其属于肠球菌属。肠球菌是人体内的一种正常菌群，但在人体免疫力下降时同样可以致病，因此是一种条件性致病菌，常可导致多个系统发生感染，例如人体生殖系统、泌尿系统、腹腔感染、伤口表明感染等，同时也是引起院内感染的常见菌群之一。近年来，随着各种有创性检查和治疗手段的实施以及免疫抑制剂的和抗生素的大量使用，使肠球菌的感染越来越多。由于该种菌群常天然耐药，对头孢菌素、大环内酯类、磺胺类、氨基糖苷类均具有耐药性，近年耐受万古霉素类的肠球菌株增多，临床上使得医生常常无计可施。目前在难治性屎肠球菌感染方面的研究已经入瓶颈期，没有很好的研究切入点。 

对空间条件下屎肠球菌相关生物学性状(如毒力和耐药等)改变的研究，分析其变化的分子机理是解决航天活动中细菌感染和临床治疗中耐药问题 的有效手段。近年来，基因组、转录组、蛋白组学和生物信息学等系统生物学研究手段不断出现，使得开展空间环境下屎肠球菌突变的分子机理研究更易进行。一方面可为空间生物安全评估提供理论基础，另一方面可为临床难治性感染的研究提供思路。 

发明内容

本发明的一个目的提供一株空间环境的屎肠球菌LCT-EF258菌株 

本发明提供的该菌株，其保藏号为CGMCC NO.6525。 

一株屎肠球菌，革兰氏染色阳性，呈单个、链状、聚团排列；同地面对照株的抗生素耐受性相比，对抗生素丁胺卡那(阿米卡星)、环丙沙星更加耐受；无生长速度的差异；能利用γ-氨基丁酸和L-苹果酸为碳源，而不能利用对羟基苯乙酸。 

所述的屎肠球菌LCT-EF258菌株，进行全基因组测序和比较基因组学分析得出突变基因，见表1，空间环境导致LCT-EF258菌株基因组上SNP的变化，包括SNP在基因组上的位置，突变位点及编码蛋白以及注释出的基因；表2为空间环境导致LCT-EF258菌株基因组上的插入和缺失，包括InDel位置和发生的区域。 

表1空间环境导致LCT-EF258菌株基因组上纯合SNP的变化 

SNP位置    突变碱基    参考基因ID    注释库ID    突变蛋白Scaffold3_60853    C→A    LCT-EF90GL001983  gi|293570275    S→I 

表2空间环境导致LCT-EF258菌株基因组上的插入和缺失 

所述的屎肠球菌LCT-EF258菌株，进行转录组测序得出差异表达基因(FDR≤0.001和|log₂Ratio|≥2)见附表1。 

所述的屎肠球菌LCT-EF258菌株，进行差异蛋白组学分析得出差异表达蛋白分子(蛋白丰度差异倍数超过2倍以上时；经统计检验其p-value值小于0.05；三次重复中至少两次重复中达到上述要求)见附表2。 

附图说明

图1屎肠球菌LCT-EF258菌株革兰氏染色结果 

图2屎肠球菌LCT-EF258菌株生理生化鉴定结果 

图3屎肠球菌LCT-EF258菌株生长曲线 

图4屎肠球菌LCT-EF90菌株生长曲线 

图5LCT-EF258菌株的GC含量与Depth关联分析图 

图6LCT-EF258菌株和地面对照组LCT-EF90的二维共线性图 

图7LCT-EF258菌株的转录组测序基因覆盖度图 

图8转录组测序鉴定的差异表达基因数量