[发明专利]基于生物芯片的检测核酸降解组mRNA的通用探针方法

权利要求书

1.一种基于生物芯片的检测核酸降解组mRNA的通用探针方法，其特征在于，它包括如下步骤：

1）采用生物信息学方法，预测可能被小分子RNA降解的目标核酸降解组mRNA；

2）提供检测探针，所述检测探针的一部分核酸序列与通用报告探针互补，另一部分核酸序列至少与所述目标核酸降解组mRNA断裂处的核酸序列互补；

3）将所述检测探针固定在生物芯片基质上，形成生物芯片；

4）将待检测样本的RNA和通用报告探针一起混入杂交液中与所述生物芯片杂交；

5）洗涤杂交后的生物芯片，检测杂交结果。

2.根据权利要求1所述的基于生物芯片的检测核酸降解组mRNA的通用探针方法，其特征在于，所述检测探针长度为18-42mer，其中与通用报告探针互补部分的核酸序列长度为3-12mer，与核酸降解组mRNA的断裂处互补部分的核酸序列长度为15-30mer。

3.根据权利要求1所述的基于生物芯片的检测核酸降解组mRNA的通用探针方法，其特征在于，所述检测探针中与通用报告探针互补的一部分核酸序列紧邻与所述目标核酸降解组mRNA的断裂处互补的另一部分核酸序列。

4.根据权利要求1所述的基于生物芯片的检测核酸降解组mRNA的通用探针方法，其特征在于，该方法中对应于每一目标核酸降解组mRNA设计有一组探针池，每一组探针池包括数个检测探针，其中每个检测探针对应每一目标核酸降解组mRNA的一个可能的断裂位点。

5.根据权利要求4所述的基于生物芯片的检测核酸降解组mRNA的通用探针方法，其特征在于，每一组探针池包括20个以上检测探针。

6.根据权利要求1所述的基于生物芯片的检测核酸降解组mRNA的通用探针方法，其特征在于，所述检测探针通过原位合成和/或化学键连接方式固定在生物芯片基质上，所述化学键连接方式至少选自氨基-醛基反应、静电吸附、共价交联中的任意一种。

7.根据权利要求1-6中任一项所述的基于生物芯片的检测核酸降解组mRNA的通用探针方法，其特征在于，所述检测探针与生物芯片基质连接的一端修饰有氨基、巯基、羧基或生物素。

8.根据权利要求1-2中任一项所述的基于生物芯片的检测核酸降解组mRNA的通用探针方法，其特征在于，所述通用报告探针至少选自DNA、RNA、PNA和LNA中的任意一种。

9.根据权利要求1-2中任一项所述的基于生物芯片的检测核酸降解组mRNA的通用探针方法，其特征在于，所述通用报告探针远离与检测探针互补一端修饰有用于指示通用报告探针与检测探针反应与否的标记分子。

10.根据权利要求1所述的基于生物芯片的检测核酸降解组mRNA的通用探针方法，其特征在于，所述待检测样本RNA至少选自总RNA样品和富集小RNA样品中的任意一种。