[发明专利]用实时荧光定量PCR检测NAT2基因多态性的试剂盒及方法

说明书

技术领域

本发明涉及一种用于检测基因多态性的试剂盒及方法。

背景技术

结核病是严重危害人类健康的慢性传染病。近10余年来，由于艾滋病的流行、移民和流动人口的增加、多种耐药结核菌的增多，以及不少国家和地区对结核病控制的忽视等因素，全球结核病形势急剧恶化，无论发达国家或发展中国家，结核病病人数都在增加。在世界卫生组织推荐的标准抗结核化疗方案中,异烟肼、利福平、吡嗪酰胺是不可替代的一线抗结核药，这些药物对肝脏有一定毒性。药物性肝损害是抗结核药物最常见的毒副作用之一，也是结核患者停止化疗的最常见原因之一。抗结核药物性肝损害尤其是异烟肼所致肝损害已屡见不鲜，重症肝炎的亦不少见，甚至产生致命后果。对于出现药物性肝损害的结核患者是选择继续治疗还是停用抗结核药是个两难选择。

异烟肼在肝内通过N-乙酰化酶代谢为乙酰化异烟肼及毒性较强的乙酰肼和异烟酸，导致肝细胞变性和坏死；代谢过程中生成低分子自由基，也可诱导脂质过氧化反应，引起药物性肝炎。大量研究表明慢乙酰化型患者使用异烟肼时更容易出现较重肝损害。因此检测NAT2基因，对其进行分型不仅可以预测结核患者发生肝损害的风险，同时可以为个体化药物治疗提供指导。

目前检测基因多态性的方法很多，最常用的PCR-RFLP法，另外还有反向点杂交法、等位基因特异性聚合酶链反应、直接测序法等。后者是所有方法的金标准，但由于其费用昂贵，未广泛使用。而PCR-RFLP法虽然费用较低，操作简单，但特异性和敏感性都不太理想，且检测时间较长。

发明内容

本发明提供一种能够有效减少时间和成本的用于检测NAT2基因多态性的试剂盒及方法。

本发明提供一种用实时荧光定量PCR检测NAT2基因多态性的试剂盒，包括盒体、探针组及具有聚合酶的PCR反应液，所述探针组由用于检测NAT2基因的第341位碱基突变的341探针、用于检测NAT2基因的第481位碱基突变的481探针、用于检测NAT2基因的第590位碱基突变的590探针和用于检测NAT2基因的第857位碱基突变的857探针中的一个或多个组成，所述341、481、590、857探针均包括上游引物、下游引物、野生型探针及突变型探针，且：所述341探针的上游引物如SEQ ID NO:2~SEQ ID NO:6中之一所示，其下游引物如SEQ ID NO:7~SEQ ID NO:17中之一所示，其野生型探针如SEQ ID NO:18~SEQ ID NO:22中之一所示，其突变型探针如SEQ ID NO:23~SEQ ID NO:27中之一所示；所述481探针的上游引物如SEQ ID NO:28~SEQ ID NO:36中之一所示，其下游引物如SEQ ID NO:37~SEQ ID NO:40中之一所示，其野生型探针如SEQ ID NO:41~SEQ ID NO:47中之一所示，其突变型探针如SEQ ID NO:48~SEQ ID NO:54中之一所示；所述590探针的上游引物如SEQ ID NO:55~SEQ ID NO:63中之一所示，其下游引物如SEQ ID NO:64~SEQ ID NO:67中之一所示，其野生型探针如SEQ ID NO:68~SEQ ID NO:72中之一所示，其突变型探针如SEQ ID NO:73~SEQ ID NO:77中之一所示；所述857探针的上游引物如SEQ ID NO:78~SEQ ID NO:82中之一所示，其下游引物如SEQ ID NO:83~SEQ ID NO:92中之一所示，其野生型探针如SEQ ID NO:93~SEQ ID NO:96中之一所示，其突变型探针如SEQ ID NO:97~SEQ ID NO:100中之一所示。

所述探针组由341、481、590和857探针中的多个组成。

所述探针组由341探针和857探针组成。

所述探针组由481探针和590探针组成。

检测时，用实时荧光定量PCR法检测NAT2基因的试剂盒，其含有上述本发明的NAT2基因检测用探针组。

检测时，用实时荧光定量PCR法检测NAT2基因的多态性方法，包含下述（a）工序：以试样中的DNA为模板，使用本发明的NAT2基因检测用探针对，在反应液中检测上述NAT2基因的工序。

一种多态性解析方法，其为解析NAT2中4个检测突变位点的多态性方法，包括下述(A)～(D)工序：