[发明专利]HNF1B基因突变检测特异性引物和液相芯片

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种HNF1B基因突变检测特异性引物和液相芯片。

背景技术

肝细胞核因子1β(hepatocyte nuclear factor1β,HNF1B)，也称转录因子2（transcription factor2，TCF2）。该基因位于17号染色体17q12上，位于36046433到36105095碱基对之间。HNF1B基因在肾发育中发挥着作用，对胚胎胰腺的发育有调节作用，是对胰腺细胞形成和维持血糖稳态具有重要作用的转录因子。目前大量研究表明，HNF1B基因突变将导致肾囊和糖尿病综合症，即第五型青少年起病的成年型糖尿病(maturity-onset diabetes of theyoung5,MODY5),表现为早发糖尿病、肾脏、胰腺和生殖管等各种组织器官发育异常。HNF1B基因的突变也会导致非胰岛素依赖型糖尿病和11型遗传前列腺癌的发生，在其它类型的癌症中，也发现了这个基因的表达发生了改变。

目前，HNF1B基因突变检测方法主要有：Illumina光纤微珠芯片技术、荧光定量PCR技术、SNPlex Genotyping System技术和基质辅助激光解析电离时间飞行质谱技术（MALDI-TOF-MS），虽然Illumina光纤微珠芯片技术是高灵敏度和精确性的高通量检测系统，但是自动化程度低，手工操作比较多，难以满足实际应用的需要，荧光定量PCR技术具有灵敏度高、特异性强、自动化程度高的特点，但也存在样品易污染、假阳性率高的缺点，且每次只能检测一种突变类型，SNPlexTM System技术对单核苷酸多态性位点（SNPs）所在序列特异性要求较高,不能随意地分析所选择的SNPs,难以应用于临床检测诊断，而且该方法操作比较复杂，不能满足实际应用的需要。基质辅助激光解析电离时间飞行质谱技术是一种软电离技术，在蛋白质等生物大分子的检测中有着强大而成熟的功能，但是在核酸检测领域，由于核酸分子本身的特殊性，检测受到一定的限制。

发明内容

本发明的目的之一是提供HNF1B基因突变检测液相芯片，该液相芯片可用于单独或并行检测HNF1B基因五种常见基因型A12057G、C8941T、G35118A、C3784A和G13582A的野生型和突变型。

实现上述目的的技术方案如下：

一种HNF1B基因突变检测液相芯片，包括有：

（A）.针对HNF1B基因不同突变位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物对：每条ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列为：针对A12057G位点的SEQ ID NO.11及SEQ ID NO.12，针对C8941T位点的SEQ ID NO.13及SEQ ID NO.14，针对G35118A位点的SEQ ID NO.15及SEQ ID NO.16，针对C3784A位点的SEQ ID NO.17及SEQ ID NO.18；和/或针对G13582A位点的SEQ ID NO.19及SEQ ID NO.20；所述tag序列选自SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.10；

（B）.有anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO.21～SEQ ID NO.30，且所述anti-tag序列能相应地与（A）中所选的tag序列互补配对；

（C）.用于扩增出需要检测的、具有相应突变位点的目标序列的引物。

在其中一个实施例中，所述扩增引物为：针对A12057G位点的SEQ ID NO.31及SEQ IDNO.32，针对C8941T位点的SEQ ID NO.33及SEQ ID NO.34，针对G35118A位点的SEQ ID NO.35及SEQ ID NO.36，针对C3784A位点的SEQ ID NO.37及SEQ ID NO.38；和/或针对G13582A位点的SEQ ID NO.39及SEQ ID NO.40。