[发明专利]一种碱基选择性可控延伸的STR序列高通量检测方法及其检测试剂

权利要求书

1.一种碱基选择性可控延伸的STR序列高通量检测方法，其特征在于包括如下操作：

（1）基因座的选取和扩增：根据不同的检测需要，选取相应数量的STR序列，作为检测对象；通过PCR技术，将上述选取的STR序列从人类DNA样本的相应基因座上扩增出来；

（2）检测芯片上STR序列文库的制备：芯片的每一个反应位点上仅有唯一样本的同一种STR单链序列拷贝；上述STR单链序列拷贝可以直接固定于芯片的平面固体基片表面，也可以通过微小球体，间接地先将单链序列拷贝固定在微小球体的表面，然后再将固定完单链序列拷贝的微小球体固定于平面基片的表面；

（3）STR核心序列重复次数的检测：在延伸反应进行之前，先要读取出芯片上每个反应位点上的STR序列所属的样本信息以及基因座信息，通过杂交的方法，将延伸起始引物和3’端封闭的延伸终止引物结合在检测芯片中反应位点的单链序列上；加入由延伸单体试剂、DNA聚合酶、延伸引物试剂、反应缓冲液、荧光剪切试剂、延伸恢复试剂、变性液构成的检测试剂，进行延伸反应；上述一次延伸反应完成后检测微阵列上点阵的荧光信号，然后将荧光剪切并恢复单体3’端的延伸活性；接着继续加入上述由四种核苷酸单体以及DNA聚合酶等构成的检测试剂，进行下一轮延伸反应，直到芯片上的所有反应位点均检测不出荧光信号为止；

（4）荧光信号的分析：通过记录芯片上STR微阵列的各个反应位点检测到的荧光出现次数以及荧光强度，确定待检测基因座的STR核心序列的重复数；通过对同一反应位点在每次延伸反应结果中的荧光强度进行分析，判断该反应位点上连接的STR序列所在基因座是否具有两个不同的等位基因，并分析出两个等位基因STR序列各自的核心序列重复次数。

2.根据权利要求1 所述的一种碱基选择性可控延伸的STR序列高通量检测方法，其特征在于步骤（1）中所述作为检测对象的STR序列所在的基因座为ACTBP2、APOAI1、CYAR04、FABP 、FOLP23、GABARB1、PLA2A1、TFIIDA 、CD4、CSF1PO 、F13A1、F13B 、FES/FPS 、FGA (FIBRA) 、HPRTB、LPL 、Penta D 、Penta E、SE33、TH01、TPOX、VWA、D1S1656、D2S441、D2S1338 、D3S1358 、D5S818 、D6S1043、D7S820、D8S1179、D10S1248、D12S391 、D13S317、D14S1434、D16S539、D18S51、D19S433、D21S11、D22S1045 、DYS19、DYS385 a/b、DYS388 、DYS389 I/II、DYS390、DYS391 、DYS392 、DYS393、DYS434、DYS437 、DYS438 、DYS439、DYS447 、DYS448、DYS456、DYS458 、DYS460、DYS464、DYS635、Y-GATA-A4 、Y-GATA-A7.1、Y-GATA-A7.2 、Y-GATA-A10、Y-GATA-H4、Amelogenin、D22-GATA198B05这些与身份识别检测相关的基因座中的一种或几种。

3.根据权利要求1 所述的一种碱基选择性可控延伸的STR序列高通量检测方法，其特征在于步骤（1）中基因座选取时，可根据STR序列中核心序列重复单元的序列信息来选择相应的检测碱基位点以及设计多基因座同时检测的分组检测方案。

4.根据权利要求1所述的一种碱基选择性可控延伸的STR序列高通量检测方法，其特征在于步骤（2）中所述的STR序列文库制备时需要将样本的STR序列拷贝直接或间接地固定在高通量测序仪器的芯片上：直接固定为将STR序列的引物通过化学基团间的相互作用直接固定在测序芯片上，间接固定为把样本引物先固定在微小球体上，再将微小球体固定在测序芯片上。

5.根据权利要求1所述的一种碱基选择性可控延伸的STR序列高通量检测方法，其特征在于步骤（3）中所述的读取STR序列的所属信息时，需要根据芯片上是否具有样本的分隔性选择不同的样本标识和读取方法；若芯片具有样本分隔性，检测时需要用组合荧光法区分序列所属的基因座，检测结果需要根据芯片上样本区域的编号查询得到样本的信息；若芯片不具有样本分隔性，需要引入核酸标识片段来记录样本信息以及所属基因座的信息，检测时需要进行对核酸标识片段读取的过程。