[发明专利]筛查马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒的芯片及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及生物信息学及生物检疫鉴定技术领域，尤其涉及筛查马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒的芯片及其应用。

背景技术

马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒（Pospiviroid）属于马铃薯纺锤形块茎类病毒科（Pospiviroidae），根据国际病毒分类委员会（International Committee on Taxonomy of Viruses,ICTV）第八次分类报告，该属包括马铃薯纺锤形块茎类病毒（Potato spindle tuber viroid，PSTVd）、菊花矮化类病毒(Chrysanthemum stunt viroid，CSVd)、柑橘裂皮类病毒（Citrus exocortis viroid，CEVd）、金鱼花潜隐类病毒（Columnea latent viroid，CLVd）、血苋类病毒1（Iresine viroid 1,IrVd-1）、墨西哥心叶茄类病毒（Mexican papita viroid，MPVd-1）、番茄顶缩类病毒（Tomato apical stunt viroid，TASVd）及番茄雄性株类病毒（Tomato planta macho viroid，TPMVd）等8种类病毒。该属的类病毒可侵染马铃薯、番茄、辣椒、鳄梨、菊花、柑橘、金鱼花、血苋、心叶茄等多种重要的作物。其代表种马铃薯纺锤形块茎类病毒是2007年发布的《中华人民共和国进境植物检疫性有害生物名录》中的检疫性有害生物，在美国、加拿大、前苏联的马铃薯种植区均有发生；在南非，该类病毒也引起番茄病害。轻型株多于重型株，其比例约为10∶1。轻型病株引起严重损失为15%~25%；重型株引起严重症状，造成产量损失可达65%。近几年，该病原的寄主呈扩大趋势，先后在新西兰的辣椒、荷兰及欧洲国家的茄属观赏植物和捷克的曼陀罗属、素馨茄、人参果、矮牵牛属植物及土耳其和德国的灯笼果上发现该病毒。随着该病毒寄主范围的扩大，各国不同程度的加大了对此病毒的重视程度和对病毒寄主有害生物变化趋势的关注程度，并及时采取各种灵活变通的检疫措施，并在进境检疫中非正式地调整了检查对象。如2010年2月韩国突然对我国出口辣椒种子实施马铃薯纺缍块茎病毒检测，并以此为由退运处理部分货物。

由于本属具有潜在新发检疫性类病毒的可能，而目前用于该属类病毒检测的方法如指示植物法、聚丙烯酰胺凝胶电泳法、核酸斑点杂交技术及分子生物学技术等只能对该属已知类病毒进行特异性检测，对于未知及新发的类病毒监测无能为力，所以容易造成危险性类病毒漏检并传播扩散，进而导致巨大的经济损失和不良的社会影响。

发明内容

本发明的一个目的是提供一种鉴定或辅助鉴定马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒的探针组。

本发明提供的鉴定或辅助鉴定马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒的探针组，由探针1-探针19共19条探针组成，所述探针1-探针19的核苷酸序列依次分别为序列表中的序列1-19。

上述探针中，所述马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒为马铃薯纺锤形块茎类病毒、菊花矮化类病毒、柑橘裂皮类病毒、金鱼花潜隐类病毒、血苋类病毒1、墨西哥心叶茄类病毒、番茄顶缩类病毒或番茄雄性株类病毒。

本发明的另一个目的是提供一种筛查马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒的基因芯片。

本发明提供的筛查马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒的基因芯片，为将上述的探针组固定在片基表面得到的基因芯片。

在上述基因芯片中，所述片基为醛基化玻璃片基，在本发明的实施例中采用的是博奥生物有限公司晶芯微阵列基片,产品目录号:420022。

在上述基因芯片中，所述马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒为马铃薯纺锤形块茎类病毒、菊花矮化类病毒、柑橘裂皮类病毒、金鱼花潜隐类病毒、血苋类病毒1、墨西哥心叶茄类病毒、番茄顶缩类病毒或番茄雄性株类病毒。

本发明的第三个目的是提供一种筛查马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒的试剂盒。

本发明提供的试剂盒，包括上述的基因芯片。

上述试剂盒还包括用于扩增所述马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒的cDNA的引物对，所述引物对具体为引物对1或引物对2；

所述引物对1由序列表中序列20和序列表中序列21所示的DNA分子组成（用于扩增菊花矮化类病毒）；

所述引物对2由序列表中序列22和序列表中序列23所示的DNA分子组成（用于扩增番茄雄性株类病毒）；

所述马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒为菊花矮化类病毒或番茄雄性株类病毒。