[发明专利]稻瘟病抗性基因Pia-C功能特异性分子标记及其方法与应用

权利要求书

1.一种稻瘟病抗性基因Pia-C功能特异性分子标记Pia-C-FNP，其特征在于：它由Pia-C-1FNP和Pia-C-2FNP组合而成；分别通过引物对SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2，以及SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4从水稻总DNA中扩增出来的核苷酸序列，并经特异性酶切之后，与稻瘟病抗性基因Pia-C呈特异性带型的分子标记；

所述引物对SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2，以及SEQ ID NO.3和SEQ IDNO.4的核苷酸序列如下所示：

SEQ ID NO.1：5’-TGCAAGCTAATGGCTGGTCGA-3’；

SEQ ID NO.2：5’-TAGACTGGTGTAGTTGCGGAC-3’；

SEQ ID NO.3：5’-GTGCAGTCCTGATCAGTACTC-3’；

SEQ ID NO.4：5’-AGAGCCACCAGGCGAACAG-3’。

2.根据权利要求1所述的稻瘟病抗性基因Pia-C功能特异性分子标记Pia-C-FNP，其特征在于：所述的水稻为水稻品种CO39。

3.根据权利要求1所述的稻瘟病抗性基因Pia-C功能特异性分子标记Pia-C-FNP，其特征在于：所述的稻瘟病抗性基因Pia-C包括2个编码NBS-LRR类蛋白的基因Pia-C-1和Pia-C-2，2个编码基因的DNA序列分别如SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示。

4.根据权利要求1所述的稻瘟病抗性基因Pia-C的功能特异性分子标记Pia-C-FNP，其特征在于：所述的特异性酶切为通过SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2扩增得到的PCR产物使用SalI酶切；通过SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4扩增得到的PCR产物使用Pvu Ⅱ酶切。

5.权利要求1～4任一项所述的稻瘟病抗性基因Pia-C功能特异性分子标记的检测方法，其特征在于：通过对多个水稻稻瘟病抗性基因Pia-C的等位基因序列与SEQ ID NO.5及SEQ ID NO.6序列做比对的方法，分析得到能区别于其感病等位基因以及其他稻瘟病抗性基因的Pia-C功能特异性的一个对单碱基差异，再通过设计分别得到SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2，以及SEQ ID NO.3和SEQID NO.4引物，对水稻DNA扩增，分别得到Pia-C功能特异性分子标记Pia-C-1FNP和Pia-C-2FNP。

6.根据权利要求5所述的稻瘟病抗性基因Pia-C功能特异性分子标记的检测方法，其特征在于包含了以下步骤：

（1）通过常规PCR法扩增，获得多个A型和C型水稻品种的Pia-C等位基因的编码区DNA序列；

（2）利用多序列比对软件工具，将步骤（1）所获得的序列翻译成蛋白质序列后进行比对，得到Pia-C型抗性基因所特异的2个SNP，分别位于Pia-C组成基因中的Pia-C-1的NB区域和Pia-C-2的LRR区域，最终导致功能特异性氨基酸的改变；

（3）根据步骤（2）所得到的2个SNP，分别设计出引物对SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2，以及SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4；并用这2组引物分别对不同水稻品种的总DNA进行PCR扩增反应，得到扩增产物A和扩增产物B；然后分别对扩增产物进行酶切、电泳，比较验证，分别获得与稻瘟病抗性基因Pia呈特异性带型的核苷酸片段Pia-C-1FNP和Pia-C-2FNP；

（4）对步骤（3）所获得的分子标记在不同水稻品种中进行验证，从而确定Pia-C抗性基因的功能特异性的分子标记Pia-CFNP。

7.根据权利要求6所述的稻瘟病抗性基因Pia-C功能特异性分子标记的检测方法，其特征在于：步骤（1）中所述的水稻品种为CO39、C101LAC、AichiAsahi以及Dongnong 363。