[发明专利]稻瘟病抗性基因Pia功能特异性分子标记及其方法与应用

权利要求书

1.一种稻瘟病抗性基因Pia功能特异性分子标记PiaFNP，其特征在于：它由Pia-1FNP和Pia-2FNP组合而成；分别为通过引物对SEQ ID NO.1和SEQ IDNO.2，以及SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4从水稻总DNA中扩增出来的核苷酸序列；Pia-1FNP直接通过电泳检测，Pia-2FNP则经特异性酶切之后电泳检测，与稻瘟病抗性基因Pia呈特异性带型的分子标记；

所述引物对SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2，以及SEQ ID NO.3和SEQ IDNO.4的核苷酸序列如下所示：

SEQ ID NO.1：5’-CTTTTGAGCTTGATTGGTCTGC；

SEQ ID NO.2：5’-CTATTGCACCAGAGGGACCAG；

SEQ ID NO.3：5’-GCGCCGCCACAAGGTTG；

SEQ ID NO.4：5’-CGTCACCAAGCTGGTACCTCTAG。

2.根据权利要求1所述的稻瘟病抗性基因Pia功能特异性分子标记PiaFNP，其特征在于：所述的水稻为水稻品种Aichi Asahi。

3.根据权利要求1所述的稻瘟病抗性基因Pia功能特异性分子标记PiaFNP，其特征在于：所述的稻瘟病抗性基因Pia包括2个编码NBS-LRR类蛋白的基因Pia-1和Pia-2。

4.根据权利要求1所述的稻瘟病抗性基因Pia功能特异性分子标记PiaFNP，其特征在于：所述的特异性酶切为Xba I酶切。

5.根据权利要求1～3任一项所述的稻瘟病抗性基因Pia功能特异性分子标记的检测方法，其特征在于：通过对多个水稻稻瘟病抗性基因Pia的等位基因序列与Pia-1和Pia-2序列做比对的方法，分析得到能区别于感病等位基因以及其他稻瘟病抗性基因的Pia功能特异性的1处STS及1处SNP，再通过引物设计分别得到SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2，以及SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4引物，对水稻DNA扩增分别得到Pia功能特异性分子标记Pia-1FNP和Pia-2FNP。

6.根据权利要求5所述的稻瘟病抗性基因Pia功能特异性分子标记PiaFNP的方法，其特征在于包含了以下步骤：

（1）通过常规PCR法扩增，获得多个A型和N型水稻品种的Pia等位基因的编码区DNA序列；

（2）利用多序列比对软件工具，将步骤（1）所获得的序列翻译成蛋白质序列后进行比对，得到Pia-1抗性基因所特异的3处氨基酸缺失，该缺失位于Pia-1 C末端区域；得到Pia-2抗性基因所特异的1处单碱基差异，该差异位于Pia-1 CC区域；

（3）根据步骤（2）所得到的序列差异及标记设计原理，设计出引物对SEQID NO.1和SEQ ID NO.2，以及SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4；并用这2组引物分别对不同水稻的总DNA进行PCR扩增反应，得到扩增产物A和扩增产物B；前者直接电泳检测，后者则经特异性酶切之后电泳检测，然后比较验证，分别获得与稻瘟病抗性基因Pia呈特异性带型的核苷酸片段Pia-1FNP和Pia-2FNP；

（4）对步骤（3）所获得的分子标记在不同水稻品种中进行验证，从而确定Pia抗性基因的功能特异性的分子标记PiaFNP。

7.根据权利要求6所述的稻瘟病抗性基因Pia功能特异性分子标记PiaFNP的检测方法，其特征在于：步骤（1）中所述的水稻品种包括Aichi Asahi、9311、Nipponbare及Fukunishiki。