[发明专利]异常微阵列特征的识别

说明书

技术领域

本公开涉及异常微阵列特征的识别。

背景技术

在阵列分析中，为了避免微阵列数据集合被不良品质的数据污染，识别和标记异常特征(即展现与众不同的统计学性质或形态性质的特征)是重要的。本公开涉及识别异常微阵列特征的方法。

发明内容

本文描述了一种识别核酸阵列中的异常特征的方法。概括地，本发明包括：a)提供log变换的归一化值(log transformed normalized value)，所述log变换的归一化值表示测试样品对核酸阵列中的第一特征的杂交量；b)利用所述log变换的归一化值和表示对照样品对多个参比阵列中的同一特征的杂交量的参比log变换的归一化值的分布来计算所述第一特征的z得分；以及c)如果存在高于或低于规定的阈值的z得分，那么识别所述测试特征是异常的。

附图说明

图1是表示本发明方法的一个实施方式的一些方面的流程图。

图2是表示本发明方法的另一实施方式的一些方面的流程图。

图3是高％CV载玻片(slide)上的八个阵列的z得分图。

图4是载玻片252665211142的z得分图。

图5是载玻片252665211142的二元标记图。

图6表示在被标记为具有低z得分的各个阵列中各特征分数的柱图。

定义

本文中使用的术语“样品”是指，含有感兴趣的一个或多个核酸(DNA或RNA)分析物的原料或原料混合物，其通常是液体形式，但并非必然是液体形式。

本文中使用的术语“以生物学方式衍生的样品”是指，由活细胞制成或衍生得到的核酸样品。由生物体的组织(例如活体解剖等)或细胞系(包括其冷冻或贮藏形式)制成的样品是以生物学方式衍生的样品的实例。

本文中使用的术语“以非生物学方式衍生的样品”是指，由预定的合成方式制备的寡核苷酸组成的核酸样品。美国专利申请公开号US20060121491中描述了以非生物学方式衍生的样品的实例。

本文中使用的术语“测试样品”是指，研究中的样品。

本文中使用的术语“对照样品”是指，可与测试样品比较的样品。正如以下更详细描述地，相对于测试样品，对照样品可以是例如同一样品的不同等分试样；可以来自同一组织；或者来自同一细胞系。

术语“核苷酸”意欲包括如下这些片段，这些片段不仅包含已知的嘌呤和嘧啶碱基，还包含已被修饰的其他杂环碱基的片段。所述修饰包括甲基化的嘌呤或嘧啶、酰基化的嘌呤或嘧啶、烷基化的核糖或其他杂环。另外，术语“核苷酸”还包括如下这些片段，这些片段包含半抗原或荧光标记，而且还可以包含常规核糖和脱氧核糖糖类，以及其他糖类。经修饰的核苷酸或核苷酸还包括，在糖片段上的修饰，例如在羟基基团中的一个或多个被卤原子或脂族基团替代时，被功能化成醚类、胺类等等。核苷酸可以包括，当被掺入核酸的伸展链中时能够继续伸展的那些(非链终止核苷酸)和抑制随后伸展的那些(例如链终止剂)。

术语“核酸”和“聚核苷酸”在本文可互换使用，用于描述由诸如脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸的核苷酸构成的并且具有例如大于约2个碱基、大于约10个碱基、大于约100个碱基、大于约500个碱基、大于1000个碱基、直至约10000或更多个碱基的任意长度的聚合物，其可以通过酶促方式或合成方式(例如在美国专利号5,948,902以及其中引用的参考文献中所描述的PNA)生产，其可以序列特异性方式与天然核酸杂交(类似于两种天然核酸那样杂交)，例如可以参与Watson-Crick碱基对相互作用。天然存在的核苷酸包括鸟嘌呤、胞核嘧啶、腺嘌呤、尿嘧啶和胸腺嘧啶(分别为G、C、A、U和T)。

本文中使用的“寡核苷酸”表示，由约2至5000个核苷酸(例如2至200个核苷酸)构成的核苷酸的单链多聚体。寡核苷酸可以是合成的，或者可以以酶促方式制成，在一些实施方式中，其具有小于10至50个核苷酸的长度。寡核苷酸可以包含核糖核苷酸单体(即可以是寡核糖核苷酸)或脱氧核糖核苷酸单体。寡核苷酸可以具有例如10至20个、11至30个、31至40个、41至50个、51至60个、61至70个、71至80个、80至100个、100至150个、或150至200个、直至500个或更多个核苷酸长度。