[发明专利]染色体rs1333049多态性位点基因分型引物

说明书

技术领域

本发明涉及一种单核苷酸多态性位点基因分型引物，尤其涉及一种用于染色体rs1333049多态性位点基因分型的引物。

背景技术

单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）是指基因组DNA中某一特定核苷酸位置上发生转换、颠换、插入或缺失等变化，它与许多疾病直接相关是决定人类疾病易感性和药物反应差异的主要因素。SNP具有数量多、分布广和稳定遗传，是继限制性片段长度多态性和微卫星多态性这两种遗传标记之后，成为第三代分子标记。

通常认为SNP只有两种类型，即等位基因，因此在对已知突变位点检测时只需要对SNP进行两种不同类型碱基的确认分析，而无需对DNA片段全序列测定。据估计，大约有10⁵个SNP分子标记将被用于基因功能及与疾病相关性的关联研究，如此庞大的分析工作，对检测技术提出了极高的要求。因此，一种理想的SNP测定方法应该具备如下优点。

1）准确——新方法必须经的起标准方法加以验证，而且准确率必须＞99%。

2）可靠——此技术稳定，以免重复进行实验使花费上升，耽误结果，浪费宝贵的样品。

3）简便——步骤简单，操作时间短，这样可以降低时间及金钱上的花费。

4.）经济——时间及金钱上的花费要少越好，例如试剂费，设备需求，使用费等，花费过高就无法测试大量的样品。

目前单核苷酸多态性的基因分型有多种方法，如Sanger测序、限制性内切酶法、Taqman探针法、Massarray法，但是这些基因分型方法要么耗时、效率低（限制性内切酶法，每个位点需要1-3元，需要6-12小时），要么成本高（测序法，每个位点需要24小时，20元）或者需要其他大型设备（如Taqman探针法需要荧光定量PCR仪，每个位点需要5-10元，需要2小时）。

多态性位点rs1333049位于染色体9p21区域多态性，至2007年Nature、Science杂志报道9p21区域与冠心病发病率相关以来，已有近百个研究显示全世界多民族冠心病、糖尿病、早老性痴呆、脑卒中、主动脉瘤等疾病发病率均与该区域相关。9p21区域的多态性位点以rs1333049位点与疾病相关性研究最多，与疾病相关性也最强；2008年，研究者在韩国和日本人群中对染色体9p21区域的rs1333049位点进行了研究，发现该位点与冠心病显著相关。人群中rs1333049最小等位基因频率为0.17-0.5，在中国人群中MAF约0.478，发明人前期工作也揭示该位点与中国人群急性心肌梗死明确相关。因此，该在普通人群或者病人中分型rs1333049，对评估病人的病情及遗传异质性十分有意义。

rs1333049位点无法用内切酶分型，目前研究一般采用的方法是Taqman探针法，该探针可从ABI公司购买，也可由公司合成，基因分型如果采用ABI7900实时定量PCR仪（384孔板），1个位点需要4-5元。采用其他实时定量PCR仪（96孔板），1个反应需要7-9元。ABI7900该仪器一般需要15万美元，目前上海市仅有不到10台同类型机器。因此，采用该方法需要研究平台高，且费用高。

发明内容

本发明所要解决的是现有的rs1333049位点基因分型方法成本高的问题。

本发明的目的是提供一种染色体rs1333049多态性位点基因分型的引物、包括所述引物的试剂盒、以及进行基因分型的方法。

本发明的第一个方面是提供一种染色体rs1333049多态性位点基因分型引物，其中，以SEQ ID No.1和SEQ ID No.2中的任意一种或两种序列作为上游引物，以SEQ ID No.3序列作为下游引物。

5'-ATACTAACCATATGATCAACAGTCC-3'   SEQ ID No.1

5'-ATACTAACCATATGATCAACAGTCG-3'   SEQ ID No.2

5'- TTTTCTAGCGCAATACCACA-3'         SEQ ID No.3

本发明的第二个方面是提供一种包括上述引物的染色体rs1333049多态性位点基因分型试剂盒，其中，包括SEQ ID No.1和/或SEQ ID No.2序列作为上游引物，包括SEQ ID No.3序列为下游引物。

根据本发明所述试剂盒的一种优选实施方式，包括SEQ ID No.1和SEQ ID No.2序列作为上游引物。

本发明所述的任意试剂盒，还可以包括Taq 酶。