[发明专利]一种检测寡核苷酸与目的基因组的相似性的方法

权利要求书

1.一种辅助检测寡核苷酸与目的基因组或目的转录组的相似性的方法，包括如下步骤：

1)以目的基因组DNA或目的转录组RNA为模板，用5′末端连接有寡核苷酸A的随机引物作为引物，进行DNA合成反应，得到5’末端带有所述寡核苷酸A的DNA，记作产物I；

2)以所述产物I为模板，以寡核苷酸A为引物，进行PCR扩增反应，记录出现PCR扩增产物时的反应循环数，记作循环数A；所述PCR扩增产物为非引物二聚体；

3)用步骤1)和步骤2)相同的方法获得寡核苷酸B对应的循环数，记作循环数B；

4)比较循环数A和循环数B的大小，若循环数A大于循环数B，则确认寡核苷酸A与所述目的基因组或所述目的转录组的相似性低于寡核苷酸B与所述目的基因组或所述目的转录组的相似性；若循环数A小于循环数B，则确认寡核苷酸A与所述目的基因组或所述目的转录组的相似性高于寡核苷酸B与所述目的基因组或所述目的转录组的相似性。

2.一种辅助检测寡核苷酸与目的基因组或目的转录组是否具有相似性的方法，包括如下步骤：

1)以目的基因组DNA或目的转录组RNA为模板，用5′末端连接有待测寡核苷酸的随机引物作为引物，进行DNA合成反应，得到5’末端带有所述寡核苷酸的DNA，记作产物I；

2)以所述产物I为模板，以所述寡核苷酸为引物，进行PCR扩增反应，出现PCR扩增产物时的循环数越大，则确认所述寡核苷酸与所述目的基因组或所述目的转录组相似性越低；

具体地，若出现PCR扩增产物时的循环数小于25，则确认所述寡核苷酸与所述目的基因组或所述目的转录组相似性较高，若出现PCR扩增产物时的反应循环数大于35，则确认所述寡核苷酸与所述目的基因组或所述目的转录组没有相似性；所述PCR扩增产物为非引物二聚体。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于：所述步骤1)中，DNA合成反应的方法包括如下步骤：将所述目的基因组DNA、所述5′末端连接有寡核苷酸A的随机引物和水混合，进行变性，再进行DNA聚合酶链反应；

或，所述步骤1)中，DNA合成反应的方法包括如下步骤：将所述目的转录组RNA、所述5′末端连接有寡核苷酸A的随机引物和水混合，进行变性，再进行逆转录聚合酶链反应。

4.根据权利要求1-3中任一所述的方法，其特征在于：所述步骤1)中，所述变 性的方法为在95℃保持3分钟后冰浴3分钟。

5.根据权利要求1-4中任一所述的方法，其特征在于：所述步骤1)中，所述DNA聚合酶链反应的方法包括如下步骤：向变性后的产物中加入DNA聚合酶和DNA聚合酶反应液，先在37℃保持90分钟，再在70℃保持10分钟；

或，所述步骤1)中，所述逆转录聚合酶链反应的方法包括如下步骤：向变性后的产物中加入逆转录聚合酶和逆转录聚合酶反应液，先在37℃保持90分钟，再在70℃保持10分钟。

6.根据权利要求1-5中任一所述的方法，其特征在于：所述步骤1)中，所述目的基因组DNA、所述5′末端连接有寡核苷酸A的随机引物、所述DNA聚合酶、所述DNA聚合酶反应液的配比为1ug∶10^-4mmol∶5U∶5ul；

所述步骤1)中，所述目的转录组RNA、所述5′末端连接有寡核苷酸A的随机引物、所述逆转录聚合酶、所述逆转录聚合酶反应液的配比为1ug∶10^-4mmol∶5U∶4ul.。

7.根据权利要求1-6中任一所述的方法，其特征在于：所述DNA聚合酶为klenow酶；所述DNA聚合酶反应液为Klenow酶缓冲液；

所述逆转录聚合酶为M-Mlv酶；所述逆转录聚合酶反应液为M-Mlv酶缓冲液。

8.根据权利要求1-7中任一所述的方法，其特征在于：所述步骤2)中，所述PCR扩增反应为实时荧光定量PCR。

9.根据权利要求1-8中任一所述的方法，其特征在于：所述步骤2)中，所述记录在所述反应的延伸过程中进行。

10.根据权利要求1-9中任一所述的方法，其特征在于：所述目的基因组DNA为植物基因组DNA或动物基因组DNA或人的基因组DNA；所述目的转录组RNA为植物转录组RNA或动物转录组RNA或人转录组RNA。

11.根据权利要求1-10中任一所述的方法，其特征在于：所述随机引物的序列为NNNNNNNNN。