[发明专利]CYP3A基因的多态性检测用探针、多态性检测方法、药效评价方法以及多态性检测用试剂盒

说明书

相关申请的交叉引用

本申请主张以2011年3月9日申请的日本申请特愿2011-051631为基础的优先权，将其全部公开并入本文。

技术领域

本发明涉及CYP3A基因的多态性检测用探针、多态性检测方法、药效评价方法以及多态性检测用试剂盒。

背景技术

CYP(细胞色素P450)为与类固醇激素等的生物物质的代谢、药物以及环境污染物质等的氧化解毒反应相关的氧化酶。CYP形成含有多种分子种的超家族，其中，已知CYP3A4和CYP3A5存在例如影响医药的代谢的多态性(Human Mutation，2004年，Vol.23，Issue 1，p.100-108)。

编码CYP3A5的CYP3A5基因位于人的第7染色体。并且，例如已知CYP3A5基因的部分序列(序列号1)中的第401位的碱基(r)存在从腺嘌呤(a)向鸟嘌呤(g)的突变(CYP3A5*3)等(Clin.Pharmacol.Ther.，2006年，Vol.80，p.179-191等)。由于该碱基的突变而产生剪接异常，CYP3A5的表达大幅降低。

另外，编码CYP3A4的CYP3A4基因位于人的第7染色体。并且例如已知CYP3A4基因的部分序列(序列号2)中的第201位的碱基(s)存在从胞嘧啶(c)向鸟嘌呤(g)的突变(CYP3A4*16)等(Clin.Pharmacol.Ther.，2006年，Vol.80，p.179-191等)。由该碱基的突变，CYP3A4的第185位的苏氨酸(T)突变为丝氨酸(S)。

例如报告了这些突变与免疫抑制剂他克莫司(tacrolimus)等药物代谢的关联(Clin.Pharmacol.Ther.，2006年，Vol.80，p.179-191)。因此，通过检测CYP3A基因中的这些多态性，例如有可能能够以更高的灵敏度预测耐药性。

现在，作为检测基因的多态性的方法，例如，已知有PCR(聚合酶链式反应)-RFLP(限制性片段长度多态性)法等(Genet.Mol.Res.，2010年，第9卷，第1号，p.34-40)。该方法使用设计为扩增含有检测目标碱基的部分的引物进行PCR，使用因所述特定碱基中的突变的有无而切断与否不同的限制性内切酶切断，之后通过电泳检测有没有被切断的方法。

另外，还已知在用PCR法扩增含有突变的区域之后，使用荧光染料标记的核酸探针进行熔解曲线分析，并基于熔解曲线分析的结果来分析碱基序列的突变的方法(参见专利文献2：日本特开2002-119291)。

发明内容

但是，CYP3A基因的突变中如前所述，存在各种突变。因此，PCR-RFLP法需要在PCR反应之后，提取扩增产物，进行限制性内切酶处理。因此，所述扩增产物有可能混入到之后的反应系统中，并由此有时会得到假阳性和假阴性的结果。另外，在PCR结束之后，用限制性内切酶进行处理，之后再进行电泳，因此存在到检测为止需要的时间非常长的情况。另外，由于操作复杂，难以自动化。根据这些现状，为了检测CYP3A基因的多态性，期待进一步的技术开发。

本发明的课题为提供一种能够以高灵敏度简便检测CYP3A基因的多态性的多态性检测用探针，使用该探针的多态性检测方法。另外，本发明的课题为提供使用了所述多态性检测方法的药效评价方法。而且，本发明的课题为提供使用了所述多态性检测用探针的多态性检测用试剂盒。

本发明如下所述。

<1>一种多态性检测用探针，用于检测CYP3A基因的多态性，所述多态性检测用探针是从包括下述P1、P1’、P2、P2’、P3、P3’、P4、P4’、P5和P5’的组中选择的一种荧光标记寡核苷酸：

(P1)荧光标记寡核苷酸，其是含有序列号1所示的序列中第401位～第411位的碱基的碱基长为11～50的序列，其除了与序列号1中的第411位的碱基对应的碱基为胞嘧啶之外相对于具有与序列号1相同的碱基的碱基序列具有至少80％以上的同一性，并且其中与序列号1所示的序列中的第411位的碱基对应的碱基用荧光染料标记；

(P1’)荧光标记寡核苷酸，其是含有序列号1所示的序列中第401位～第411位的碱基的、碱基长为11～50的序列，其除了与序列号1中的第411位的碱基对应的碱基为胞嘧啶之外，与具有与序列号1相同的碱基的碱基序列的互补链在严谨条件下杂交，并且其中与序列号1所示的序列中第411位的碱基对应的碱基用荧光染料标记；