[发明专利]基于GPU的序列比对算法的比对结果处理方法

权利要求书

1.一种基于GPU的序列比对算法的比对结果处理方法，包括以下步骤：

初始化GPU的块大小为Bs，并确定线程数量为N，用户输入的待查询序列Q的长度为qlen；

GPU在共享内存中建立分值缓冲区score[Bs]和比对结果缓冲区val[Bs*17][2]；

GPU初始化线程号为tid，score[]为零，val[][]为零，缓冲器标记p＝1，段计数器s＝0；

线程号tid小于线程数量N的所有线程在纹理内存中查找相应的数据库序列，并将数据库序列的序列号sid设置为线程号tid；

设置计数器i＝0；

每个线程分别取出相应数据库序列中的第i个字符；

设置计数器j＝s；

每个线程分别取出待查询序列Q中的第j个字符；

每个线程根据Smith-Waterman算法对相应数据库序列中的第i个字符和待查询序列Q中的第j个字符进行计算，以得到val[][p]；

每个线程分别求score[tid]和val[][p]两者的最大值，并用最大值替换score[tid]；

判断j是否大于或等于s+15或qlen；

如果j大于或等于s+15或qlen，则设置计数器m＝0；

线程数量N中的每16个线程将val[m*16][p]到val[m*16+15][p]的16个元素联合写回GPU显存，完成一次联合写回；

判断m是否大于或等于15；

如果m大于或等于15，则每个线程分别判断相应数据库序列是否已没有字符；

如果线程相应数据库序列已没有字符，则判断qlen是否小于或等于16；

如果qlen小于或等于16，则每个线程分别将score[tid]写回GPU显存。

2.根据权利要求1所述的基于GPU的序列比对算法的比对结果处理方法，其特征在于，还包括步骤：

如果j不大于或等于s+15或qlen，则j＝j+1；

每个线程分别取出待查询序列Q中的第j个字符。

3.根据权利要求1所述的基于GPU的序列比对算法的比对结果处理方法，其特征在于，还包括步骤：

如果m不大于或等于15，则m＝m+1；

线程数量N中的每16个线程将val[m*16][p]到val[m*16+15][p]的16个元素联合写回GPU显存，完成一次联合写回。

4.根据权利要求1所述的基于GPU的序列比对算法的比对结果处理方法，其特征在于，还包括步骤：

如果线程相应数据库序列还有字符，则p＝1-p，i＝i+1；

每个线程分别取出相应数据库序列中的第i个字符。

5.根据权利要求1所述的基于GPU的序列比对算法的比对结果处理方法，其特征在于，还包括步骤：

如果qlen不小于或等于16，则qlen＝qlen-16，s＝s+16；

重新初始化val[][0]的所有元素为零，p＝1；

每个线程初始化val[sid*17][1]为GPU显存中相应的值；

设置计数器i＝0。