[发明专利]筛查16SrXII组植原体的芯片及其应用

权利要求书

1.一种筛查16SrXII组植原体的探针，由3条探针组成，所述3条探针的核苷酸序列依次分别为序列表中的序列1-序列3。

2.一种筛查16SrXII组植原体的基因芯片，为将权利要求1所述的探针固定在片基表面得到的基因芯片。

3.根据权利要求2所述的基因芯片，其特征在于：所述片基为醛基化玻璃片基；所述16SrXII组植原体为澳大利亚植原体候选种。

4.一种筛查16SrXII组植原体的试剂盒，包括权利要求2或3所述的基因芯片。

5.根据权利要求4所述的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒还包括如下引物组：

所述引物组由引物对A和引物对B组成；

所述引物对A由引物1和引物2组成；

所述引物对B由引物3和引物4组成；

所述引物1的核苷酸序列为序列表中的序列4；

所述引物2的核苷酸序列为序列表中的序列5；

所述引物3的核苷酸序列为序列表中的序列6；

所述引物4的核苷酸序列为序列表中的序列7；

所述试剂盒由权利要求2或3所述的基因芯片和所述引物组组成；

所述16SrXII组植原体为澳大利亚植原体候选种。

6.一种用于筛查16SrXII组植原体的引物组，由引物对A和引物对B组成；

所述引物对A由引物1和引物2组成；

所述引物对B由引物3和引物4组成；

所述引物1的核苷酸序列为序列表中的序列4；

所述引物2的核苷酸序列为序列表中的序列5；

所述引物3的核苷酸序列为序列表中的序列6；

所述引物4的核苷酸序列为序列表中的序列7；

所述16SrXII组植原体具体为澳大利亚植原体候选种。

7.权利要求1所述探针、权利要求2或3所述的基因芯片、权利要求4或5所述的试剂盒或权利要求6所述的引物组在鉴定或辅助鉴定16SrXII组植原体中的应用；所述16SrXII组植原体具体为澳大利亚植原体候选种。

8.权利要求1所述探针、权利要求2或3所述的基因芯片、权利要求4或5所述的试剂盒或权利要求6所述的引物组在制备鉴定或辅助鉴定16SrXII组植原体产品中的应用；所述16SrXII组植原体具体为澳大利亚植原体候选种。

9.一种筛查或辅助筛查待测样品感染16SrXII组植原体的方法，包括如下步骤：

1)将待测样品的基因组DNA进行标记，得到标记后产物；

2)将步骤1)得到的标记后产物与权利要求2或3所述的基因芯片进行杂交，得到杂交后芯片；

3)将步骤2)得到的杂交后芯片扫描，

若所述基因芯片上的至少一条所述探针的信号绝对值大于5000且信噪比大于3.0，则待测样品感染或候选感染16SrXII组植原体。

10.根据权利要求9所述的方法，其特征在于：

步骤1)中，所述标记为以待测样品的基因组DNA为模板，以权利要求4或5所述的试剂盒或权利要求6所述的引物组进行PCR扩增，得到标记后产物；

步骤2)中，所述杂交的温度为42℃，所述杂交的时间为12h；

在所述步骤2)后和步骤3)前还包括将所述杂交后芯片进行洗涤的步骤；

所述至少一条所述探针为3条所述探针任意一条；

所述16SrXII组植原体为澳大利亚植原体候选种。