[发明专利]构建药物反应相关基因标准型别数据库的方法及其应用

权利要求书

1.一种构建药物反应相关基因的基因标准型别数据库的方法，其特征在于，包括以下步骤：

将药物反应相关基因的基因型别突变信息对应的特定序列与人类全基因组标准序列进行比对，获得药物反应相关基因的特定序列与人类全基因组标准序列在每个碱基位置上的对应关系；

根据所述对应关系，将药物反应相关基因的基因型转换成以人类全基因组标准序列为标准的基因型，获得药物反应相关基因的标准化基因型别；

其中，任选地，所述药物反应相关基因包括选自ABCB1、ABCG2、ADRB1、APC、ARG1、ASL、ASS1、BCHE、BRAF、CDKN2A、CPS1、CYP19A1、CYP1A2、CYP1B1、CYP2B6、CYP2C19、CYP2C9、CYP2D6、CYP2E1、CYP3A4、CYP3A5、CYP3A7、CYP4F2、DPYD、EGFR、EGR1、ERBB2、F2、F5、G6PD、GSTA1、HLA-B、KIT、KRAS、MTHFR、NAGS、NAT1、NAT2、NRAS、OTC、RNR1、SLCO1B1、SULT1A1、TPMT、TYMS、UGT1A1、VKORC1、XRCC1等48个人类药物反应相关基因的至少一种；

任选地，进一步包括步骤，定位药物反应相关基因于人类全基因组标准序列上，确定药物反应相关基因编码序列的起始位置和终止位置，获得药物反应相关基因的基因型别突变信息对应的特定序列；

任选地，所述药物反应相关基因的基因型别突变信息对应的特定序列包含药物反应相关基因的编码序列的起始位置上游5000bp至编码序列终止位置下游的500bp区域；

任选地，所述人类全基因组标准序列为hg19。

2.一种药物反应相关基因的基因标准型别数据库，其特征在于，所述数据库采用权利要求1所述的方法构建。

3.根据权利要求1所述的药物反应相关基因的基因标准型别数据库，其特征在于：所述药物反应相关基因的基因标准型别数据库中，药物反应相关基因的各标准化基因型别对应有药物反应作用的相关信息；

任选地，所述药物反应相关基因包括选自ABCB1、ABCG2、ADRB1、APC、ARG1、ASL、ASS1、BCHE、BRAF、CDKN2A、CPS1、CYP19A1、CYP1A2、CYP1B1、CYP2B6、CYP2C19、CYP2C9、CYP2D6、CYP2E1、CYP3A4、CYP3A5、CYP3A7、CYP4F2、DPYD、EGFR、EGR1、ERBB2、F2、F5、G6PD、GSTA1、HLA-B、KIT、KRAS、MTHFR、NAGS、NAT1、NAT2、NRAS、OTC、RNR1、SLCO1B1、SULT1A1、TPMT、TYMS、UGT1A1、VKORC1、XRCC1基因的至少一种。

4.一种药物反应相关基因的基因分型方法，所述方法包括：获取待测样本药物反应相关基因的外显子序列，采用高通量测序平台测序并进行数据分析，将分析结果与权利要求2任意一项所述的药物反应相关基因的基因标准型别数据库进行比较，从而得到待测样本的基因型别。

5.一种药物反应作用的检测方法，所述方法包括：获取待测样本药物反应相关基因的外显子序列，采用高通量测序平台测序并进行数据分析，将分析结果与权利要求3所述的药物反应相关基因的基因标准型别数据库进行比较，得到待测样本的基因型别，并根据基因型别对应的药物反应作用信息获得待测样本的药物反应作用结果。

6.根据权利要求4或5所述的方法，其特征在于：所述获取待测样本药物反应相关基因的外显子序列的过程包括，

A、制备能够捕获药物反应相关基因外显子序列的芯片，所述芯片上含有与药物反应相关基因外显子序列反向互补的寡核苷酸探针；

B、用待测样本的基因组DNA制备序列捕获文库，包括将待测样本基因组DNA打断为200～500bp大小的片段，进行末端处理后扩增得到序列捕获文库；

C、将步骤B制备得到的序列捕获文库与步骤A的芯片杂交，从而获取得到待测样本的药物反应相关基因外显子文库。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于：所述步骤A中，所述芯片含有能分别与48个人类药物反应相关基因的所有外显子序列反向互补的寡核苷酸探针，寡核苷酸探针的长度为55-105bp；

所述步骤B中，待测样本基因组DNA打断为200～300bp大小的片段。