[发明专利]非侵入性产前倍性识别装置

权利要求书

1.一种计算机，该计算机被配置用于：

接收包括胎儿DNA和母亲DNA的DNA样本中染色体或者染色体片段上的多个多态性位点的DNA测序数据的输入；

由DNA测序数据来计算多个多态性位点的等位基因数；

创建每一个与染色体或染色体片段可能的不同倍性状态相关的多个倍性的假设；

建立用于每个倍性假设的染色体或染色体片段上的多个多态性位点的预期的等位基因数的联合分布模型；

通过使用联合分布模型和样本上测得的等位基因数来确定每个倍性假设的相对概率，以及样本中估测的胎儿DNA分数；

通过选择对应于具有最大概率的假设的倍性状态的方式来确定胎儿染色体或染色体片段的倍性状态，其中置信度估测适合于识别倍性状态确定。

2.根据权利要求1所述的计算机，其特征在于，样本中的DNA来源于母体血浆。

3.根据权利要求1所述的计算机，其中所述计算机进一步被配置用于接收在胎儿父母的一方或双方的多个多态性位点上基因型数据的输入，并且其中针对每个倍性假设的染色体或染色体片段上的多个多态性位点的预期的等位基因数建立的联合分布模型是使用来自胎儿父母的一方或双方所获取基因型数据产生的。

4.根据权利要求1所述的计算机，其中所述的样本是从母体血浆中分离出来的，其中所述计算机进一步被配置用于接收多个多态性位点的来自胎儿母亲的基因型数据的输入，并且其中来自母体的基因型数据是通过从所述DNA测序数据估测母体基因型数据来获得的。

5.根据权利要求1所述的计算机，其中多个多态性位点为单核苷酸多态性。

6.根据权利要求1所述的计算机，其中所述计算机被配置用于通过将有关涵盖染色体中的不同的位置的染色体概率的数据用于在染色体上的多态性等位基因之间的模型相关性建立等位基因数的联合分布模型。

7.根据权利要求1所述的计算机，其中所述计算机被配置用于使用了样本中估测的胎儿DNA分数确定每个假设的相对概率。

8.根据权利要求1所述的计算机，其中所述计算机被配置用于通过如下计算确定胎儿的倍性状态：

将采用联合分布模型和等位基因数确定的每个倍性假设的相对概率与每个倍性假设的相对概率结合，所述倍性假设的相对概率使用选自由读数分析，比较杂合率，一种仅当使用亲本遗传信息才能获得的统计信息，父母背景的归一化的基因型信号的概率，一种使用估测的第一样本或制备样本的胎儿DNA的分数计算的统计信息，及其组合所构成的组中的一种或多种统计技术进行计算。

9.根据权利要求1所述的计算机，其中所述计算机进一步被配置用于计算针对确定的倍性状态进行置信度估测的计算，其中针对13号染色体，18号染色体和21号染色体的置信度超过99％。

10.一种体外确定在妊娠中的胎儿的染色体或者染色体片段的一个或多个拷贝数的亲本起源的方法，所述方法包括：

在染色体或染色体片段的多个多态性位点上对样本中DNA测序，其中所述样本DNA包括来自胎儿母亲的母体DNA以及来自胎儿的胎儿DNA；

在计算机上由DNA测序数据来计算多个多态性位点的等位基因数；

在计算机上创建每一个与染色体或染色体片段的一个或多个拷贝数的不同亲本起源相关的多个假设；

在计算机上创建针对在妊娠中的胎儿的染色体或染色体片段的一个或多个拷贝数的亲本起源的一组至少一个假设；

用计算机建立用于每个假设的染色体或染色体片段上的多个多态性位点的预期等位基因数的联合分布模型；

用计算机通过使用联合分布模型和在样本上测得的等位基因数来确定每个假设的相对概率，以及样本中估测的胎儿DNA分数；

通过选择具有最大概率的假设来确定在妊娠中的胎儿的染色体或者染色体片段的一个或多个拷贝数的亲本起源，其中置信度估测适合于所述的亲本起源确定。