[发明专利]对DNA序列的数据分析

权利要求书

1.一种用于分析的方法，包括：

电子接收与多个序列相关的序列数据；

从所述多个序列中鉴定多个高质量阅读序列；

从所述多个高质量阅读序列提取多个独特阅读序列；并

针对与参照样品对应的参照序列比较所述多个独特阅读序列。

2.权利要求1的方法，进一步包括在针对与所述参照样品对应的参照序列数据比对所述多个独特阅读序列后，计算高质量比对。

3.权利要求1的方法，进一步包括对比对的独特阅读序列进行定性分析。

4.权利要求1的方法，进一步包括对比对的独特阅读序列的定量分析。

5.权利要求1的方法，进一步包括显现比对的独特阅读序列。

6.权利要求1的方法，进一步包括计算所述多个独特阅读序列中每个与所述参照序列之间的比对。

7.权利要求1的方法，进一步包括电子接收与所述序列数据相关的置信区间数据，所述置信区间数据至少部分用于鉴定所述多个高质量阅读序列。

8.权利要求1的方法，其中所述多个序列中每个至少描述植物基因组的一部分。

9.权利要求1的方法，其中电子接收与所述序列数据有关的描述一个或多个条形码的条形码信息。

10.权利要求1的方法，其中电子接收与所述序列数据有关的描述一个或多个条形码的条形码信息，并且将所述序列数据与至少两组之一联系起来包括阅读与所述序列数据有关的条形码信息，并依照所述一个或多个条形码联系所述序列数据。

11.权利要求1的方法，进一步包括将所述序列数据与至少两组之一联系起来的步骤。

12.一种用于分析的系统，其包括：

用于接收与多个序列相关的序列数据的模块；和

计算模块，其中所述计算模块可操作为：

从所述多个序列中鉴定多个高质量阅读序列；

从所述多个高质量阅读序列提取多个独特阅读序列；并

相对于与参照样品对应的参照序列比较所述多个独特阅读序列。

13.权利要求12的系统，其中所述计算模块进一步可操作为从所述多个高质量阅读序列计算高质量比对。

14.权利要求12的系统，其进一步包含对比对的独特阅读序列进行定性分析的模块。

15.权利要求12的系统，其进一步包含对比对的独特阅读序列进行定量分析的模块。

16.权利要求12的系统，其进一步包含显现比对的独特阅读序列的模块。

17.权利要求12的系统，其中所述计算模块进一步可操作为计算所述多个高质量比对中每个与所述参照序列之间的比对。

18.权利要求12的系统，其中所述计算模块进一步将所述序列数据与至少两组之一联系起来。

19.一种用于分析的方法，包括：

电子接收关于多个序列的序列数据，所述多个序列至少描述植物基因组的一部分，所述多个序列先前已经暴露于一种或多种锌指核酸酶以切割所述序列；

电子接收与所述序列数据相关的置信区间数据；

至少部分基于所述置信区间数据从所述多个序列中鉴定多个高质量阅读序列；

从一个或多个高质量阅读序列提取独特阅读序列；并

针对与参照样品对应的序列数据比对所述独特阅读序列。

20.权利要求20的方法，进一步包括下列步骤：

电子接收与所述序列数据有关的条形码信息；并

至少部分基于所述条形码信息将所述序列数据与至少两组之一联系起来。