[发明专利]立足点引物双链体的组合物及其使用方法

权利要求书

1.一种部分双链的引物，该引物包含第一和第二核酸链，这些核酸链被安排成

(1)一个双链的标靶非特异性区，

(2)一个双链的标靶特异性区，以及

(3)由该第一核酸链贡献的一个单链的标靶特异性区，

其中该双链的标靶非特异性区具有的标准自由能是：与一种标靶核酸的完全互补区结合的该单链的标靶特异性区的标准自由能的加减10％范围内，其中贡献区域(1)的第一核酸链的序列不与标靶核酸完全互补，其中第二核酸链比第一核酸链短，并且其中贡献区域(2)和(3)的第一核酸链的序列互补并结合于靶核酸。

2.如权利要求1所述的部分双链的引物，其中该第二核酸链在其3’端处包含一个不可延伸的核苷酸，和/或该第一核酸链在其标靶非特异性区的3’端处或3’端附近包含一个非天然核苷酸。

3.如权利要求2所述的部分双链的引物，其中该不可延伸的核苷酸是一个非天然核苷酸或一个双脱氧核苷酸。

4.如权利要求3所述的部分双链的引物，其中该非天然核苷酸是异-C、异-G或脱氧尿苷。

5.如权利要求1-4中任一项所述的部分双链的引物，其中该双链的标靶非特异性区为4-21个核苷酸的长度。

6.如权利要求1-4中任一项所述的部分双链的引物，其中该单链的标靶特异性区为4-20个核苷酸的长度。

7.如权利要求1-4中任一项所述的部分双链的引物，其中该第一和该第二核酸链包含DNA或RNA。

8.一种系统，包含

一种核酸标靶，

一种聚合酶，以及

一种部分双链的引物，该引物包含一个第一和一个第二核酸链，这些核酸链被安排成

(1)一个双链的标靶非特异性区，

(2)一个双链的标靶特异性区，以及

(3)由该第一核酸链贡献的一个单链的标靶特异性区，其中该双链的标靶非特异性区具有的标准自由能是：与标靶核酸结合的该单链的标靶特异性区的标准自由能的加减10％范围内，其中第二核酸链比第一核酸链短，并且其中贡献区域(2)和(3)的第一核酸链的序列互补并结合于靶核酸。

9.如权利要求8所述的系统，其中该核酸标靶是单链的。

10.如权利要求8或9所述的系统，其中该核酸标靶是DNA或RNA。

11.如权利要求8或9所述的系统，其中该系统包含多种不同的部分双链的引物。

12.如权利要求8或9所述的系统，其中该系统包含至少两种部分双链的引物，这些引物一起可以用于扩增该核酸标靶的一个区域。

13.如权利要求8或9所述的系统，其中该核酸标靶包含重复序列、二级结构和/或高GC含量。

14.如权利要求8或9所述的系统，其中该核酸标靶是存在于多种不同的核酸标靶中。

15.如权利要求14所述的系统，其中该核酸标靶是作为一个单拷贝或以低拷贝存在于多种不同的核酸标靶中。

16.一种方法，包括

使如权利要求1所述的部分双链的引物与一个样品接触，并且检测该引物与该样品中的一种标靶的杂交。

17.如权利要求16所述的方法，其中该部分双链的引物被标记有一个可检测部分。

18.如权利要求17所述的方法，其中该可检测部分包含一种荧光团或一种放射性同位素。

19.如权利要求16至18中任一项所述的方法，其中该标靶是作为一个单拷贝存在于该样品中。

20.一种方法，包括

使如权利要求1所述的部分双链的引物的一个第一链的一个单链的标靶特异性区与一种核酸标靶杂交，从而使该引物的该第一链与该引物的一个第二链解离，并且

在一种聚合酶的存在下，以一种标靶互补的方式使该第一链在其3’端延伸。

21.一种方法，包括

在一种核酸标靶、一种聚合酶以及一种或多种如权利要求1所述的部分双链的引物的存在下，进行一种核酸合成反应。

22.如权利要求21所述的方法，其中该核酸合成反应是一种核酸扩增反应。